取保候审的保证金在检察院做出不起诉决定后，通常会予以退还。以下是详细解释和可能遇到的情况分析：
一、保证金退还的法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，取保候审的保证金是为了保证犯罪嫌疑人、被告人不逃避或妨碍侦查、起诉和审判，并依法履行相关义务而交纳的。如果检察院最终决定不起诉，意味着犯罪嫌疑人、被告人没有被追究刑事责任，那么之前交纳的保证金就失去了存在的意义，应当予以退还。
二、保证金退还的具体流程
- 提交申请：在收到检察院的不起诉决定书后，犯罪嫌疑人或其法定代理人、近亲属可以向作出取保候审决定的机关（通常是公安机关）提交退还保证金的申请。
- 审核与决定：公安机关在收到申请后，会进行审核。如果确认犯罪嫌疑人、被告人在取保候审期间没有违反相关规定，且检察院已经决定不起诉，那么公安机关会作出退还保证金的决定。
- 退还保证金：公安机关在作出退还决定后，会通知银行将保证金退还至犯罪嫌疑人或其指定的账户。
三、可能遇到的情况及处理建议
保证金未及时退还：
- 如果公安机关在收到申请后未及时退还保证金，犯罪嫌疑人或其法定代理人、近亲属可以向公安机关的上级部门或同级人民检察院进行申诉，要求督促退还。
- 也可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供法律帮助，包括协助撰写申诉材料、与相关部门沟通等。
保证金被没收：
- 如果在取保候审期间，犯罪嫌疑人、被告人违反了相关规定（如逃避侦查、起诉和审判，干扰证人作证等），那么保证金可能会被没收。
- 如果对保证金的没收有异议，可以向作出没收决定的机关提出申诉，或者通过法律途径进行维权。
保证金退还过程中的纠纷：
- 在保证金退还过程中，可能会因为各种原因（如账户信息错误、银行处理延迟等）导致退还出现纠纷。
- 遇到这种情况时，建议及时与公安机关和银行沟通，查明原因并尽快解决。如果无法自行解决，可以寻求法律帮助。
四、法律建议
- 保留好相关证据：在申请退还保证金时，务必保留好检察院的不起诉决定书、取保候审决定书以及交纳保证金的凭证等相关证据。
- 及时沟通与咨询：如果在保证金退还过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时与公安机关沟通，并向我咨询法律意见。
总结来说，检察院做出不起诉决定后，取保候审的保证金通常会予以退还。但在具体操作过程中，可能会遇到各种情况。如果有任何疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。