结论：借款给公司但借条盖的是挂失后的公章，起诉是否有效需分情况讨论，若公司确实收到借款且无其他无效事由，起诉通常是有效的；但若存在公司否认借款、公章使用违法等情形，则可能影响起诉效果。以下从不同角度详细分析：
一、公章挂失后的法律效力
公章挂失的意义：公司公章挂失后，原公章即失去法律效力，公司不再对使用该公章的行为承担法律责任（除非能证明公司自身存在过错或故意使用）。然而，这一原则并非绝对，特别是在涉及第三方善意取得的情况下。
第三方善意取得：如果借款时，您作为出借人并不知道公章已挂失，且基于合理信赖认为公章具有法律效力，那么根据善意取得原则，您与公司之间的借款合同可能仍然有效。公司不能仅因公章挂失而否认借款合同的效力。
二、借款合同的有效性
合同成立要件：借款合同的有效性取决于合同是否满足成立要件，包括双方意思表示真实、合同内容合法、合同形式符合法律规定等。公章作为合同成立的形式要件之一，虽然重要，但并非唯一决定因素。
实际履行情况：如果公司确实收到了您出借的款项，并且没有提出异议或返还借款，这可以视为公司对借款合同的实际履行和认可。在这种情况下，即使公章已挂失，也不影响借款合同的有效性。
三、可能影响起诉效果的因素
公司否认借款：如果公司否认收到借款或主张借款合同无效，您需要提供证据证明借款事实的存在和合同的有效性。这可能包括转账记录、聊天记录、证人证言等。
公章使用违法：如果公章的使用涉及违法犯罪行为（如伪造公章、盗用公章等），这可能影响借款合同的法律效力。但这种情况需要具体分析，不能一概而论。
四、法律建议
收集证据：在起诉前，务必收集充分的证据证明借款事实的存在和合同的有效性。这包括但不限于借条、转账记录、聊天记录、证人证言等。
咨询专业律师：由于涉及公司法律事务和公章使用问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供更准确的法律分析和诉讼策略。
考虑和解或调解：在起诉前，也可以考虑与公司进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案。这可以节省时间和成本，并避免不必要的法律纠纷。
后续行动建议：如果您决定起诉，请尽快准备相关证据并咨询专业律师。律师将帮助您评估案件胜诉的可能性，并制定合适的诉讼策略。同时，也请您保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。