针对查处违章时被车间员工殴打的情况，可按以下步骤处理：

1. 立即报警并保护现场
   无论伤势轻重，第一时间拨打110报警，明确告知“因履行职务被殴打”，要求警方出警并固定证据（如监控录像、在场证人、现场痕迹等）。若伤势严重，需同步呼叫120急救，并保留医疗记录作为后续维权依据。

2. 明确行为性质与法律后果
   员工殴打执法人员（或履行职务人员）可能涉及多重违法：

   • 治安违法：根据《治安管理处罚法》第43条，殴打他人或故意伤害他人身体的，可处5-10日拘留并罚款；情节较轻的（如未造成明显伤害）可处5日以下拘留或罚款。
     
   • 刑事犯罪：若经鉴定伤情达到轻伤及以上（如骨折、内脏损伤等），则构成《刑法》第234条故意伤害罪，可处3年以下有期徒刑、拘役或管制；若存在持械、多人围殴等情节，刑罚可能加重。
     
   • 妨碍公务：若殴打行为与阻碍查处违章直接相关，可能同时触犯《刑法》第277条妨碍公务罪，可处3年以下有期徒刑、拘役、管制或罚金。

3. 要求单位配合与内部处理

   • 单位责任：根据《劳动合同法》第38条，若单位未提供必要安全保障导致员工受伤，劳动者可主张单位承担相应责任（如医疗费、误工费等）。
     
   • 内部追责：要求单位对涉事员工依内部规章制度（如《员工手册》）进行处分（如警告、记过、开除等），并保留书面处理结果作为后续证据。

4. 主张民事赔偿
   无论行政或刑事处理结果如何，均可单独提起民事诉讼，要求涉事员工赔偿医疗费、护理费、交通费、误工费、残疾赔偿金（若构成伤残）等实际损失。若单位存在管理过失（如未制止冲突、未及时报警等），可一并主张单位承担补充赔偿责任。

5. 特殊情形处理

   • 若涉事员工拒不赔偿：可向法院申请强制执行，冻结其工资、银行账户或查封财产。
     
   • 若单位包庇员工：可向劳动监察部门投诉单位违法行为，或通过工会、职工代表大会等渠道维权。
     
   • 若自身存在过错（如言语冲突、执法不当）：需根据过错程度承担相应责任，但不影响对方违法行为的定性，仅可能减轻对方赔偿责任。

建议：处理过程中务必保留所有证据（报警回执、医疗记录、现场照片、证人联系方式等），并避免与涉事员工私下和解（可能影响后续维权）。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。