针对您提出的“被告公司注销后如何起诉、如何追查股东责任和剩余财产，以及诉讼时效的特别规定”问题，以下是详细解答：

1. 被告公司注销后如何起诉

   • 核心结论：公司注销后，原则上不能再以该公司为被告提起诉讼。但可根据具体情况，选择以公司股东、发起人或清算义务人为被告进行起诉。
   • 详细解释：
     • 若公司在注销前未依法清算，导致债权人利益受损，债权人可以公司股东、发起人或清算义务人为被告，要求其承担赔偿责任。
     • 若公司注销后，发现公司存在未了结的债务或存在其他违法行为，相关利害关系人也可以根据具体情况，选择适当的责任主体进行起诉。

2. 如何追查股东责任和剩余财产

   • 核心结论：追查股东责任和剩余财产，需通过调查公司注销前的财务状况、清算程序及股东出资情况等途径进行。
   • 详细解释：
     • 调查财务状况：通过查阅公司注销前的财务报表、审计报告等文件，了解公司的资产、负债及盈利情况。
     • 审查清算程序：核实公司是否依法进行了清算，清算程序是否合法合规，清算组是否履行了通知债权人、公告等义务。
     • 追查股东出资：调查股东是否按约定足额出资，是否存在抽逃出资、虚假出资等行为。若股东未履行出资义务或抽逃出资，债权人可要求其在未出资或抽逃出资范围内承担赔偿责任。
     • 剩余财产分配：若公司注销后仍有剩余财产，且该财产未依法分配给股东，债权人可要求清算组或股东返还剩余财产。

3. 诉讼时效的特别规定

   • 核心结论：公司注销后，债权人提起诉讼的时效期间通常为三年，但具体起算点可能因情况而异。
   • 详细解释：
     • 一般规定：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
     • 起算点：诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在公司注销的情况下，若债权人知道或应当知道公司注销且其权利受到损害，则从该日起计算诉讼时效。
     • 特殊情况：若公司注销前未依法清算，导致债权人无法及时知道其权利受到损害，债权人可自知道或应当知道公司注销且其权利受到损害之日起计算诉讼时效。但自公司注销之日起超过五年的，人民法院可能不予保护（具体根据相关法律规定及案件情况判断）。

建议：在处理此类案件时，建议您及时收集相关证据，如公司注销前的财务报表、清算报告、股东出资证明等，以便在诉讼中维护自己的合法权益。若您在此过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答。