当您面临被告公司已经注销的情况，想要起诉相关责任人以维护自身权益时，确实需要依据公司注销的具体情况来确定起诉的对象和流程。以下是我为您详细梳理的步骤和建议：

一、确定诉讼主体

1. 公司未经依法清算即注销：

   • 在这种情况下，您可以起诉公司的股东、发起人、控股股东或实际控制人。根据相关法律规定，这些主体在公司解散过程中负有法定的清算义务。如果他们未依法进行清算就注销了公司，损害了您的利益，那么他们应当承担相应的法律责任。
   • 如果股东或第三人在公司注销时承诺对公司债务承担责任，您也可以直接起诉这些作出承诺的股东或第三人。

2. 公司依法清算并注销：

   • 一般情况下，公司依法清算并注销后，其法人资格消灭，您不能再以该公司为被告提起诉讼。
   • 但是，如果您有证据证明清算过程中存在遗漏债务，且该债务仍在诉讼时效内，您可以尝试通过申请法院对清算程序进行审查等方式来主张权利。
   • 另外，如果公司注销文件中有明确的权利义务承继者，您也可以将承继者列为被告进行起诉。

二、准备起诉材料

• 原告资质证明：如您的企业营业执照或自然人居民身份证，以证明您的诉讼主体资格。
• 被告信息：包括工商登记信息、股东信息等，以及能够证明您与被告之间存在债权债务关系的证据材料，如合同、交易记录、欠条、还款计划等。
• 诉讼请求与事实理由：在起诉状中明确您的诉讼请求，如要求被告承担清偿责任等，并详细阐述事实和理由，包括公司注销的情况、被告的责任等。

三、提起诉讼

1. 满足起诉条件：确保您的起诉符合《中华人民共和国民事诉讼法》规定的起诉条件，包括您与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由，以及属于人民法院受理民事诉讼的范围和管辖。
2. 提交起诉材料：将起诉状及相关证据材料提交至有管辖权的人民法院，并按照法院要求缴纳诉讼费用。

四、庭审与执行

• 在庭审过程中，您需要就诉讼请求和相关证据进行辩论和质证，以证明您的主张。
• 如果法院判决您胜诉，被告需要按照判决执行相应义务。如果被告不执行判决，您可以申请强制执行。

五、注意事项

1. 诉讼时效：务必注意诉讼时效问题，避免因超过时效而丧失胜诉权。一般来说，债权债务关系的诉讼时效为三年，但具体还需根据法律规定和案件情况来确定。
2. 严格遵循法律程序：诉讼程序和要求较为复杂，您需要严格按照法律规定进行，包括提交起诉状、证据材料，参加庭审等环节。如有需要，可以寻求专业律师的帮助。
3. 咨询专业律师：由于此类案件涉及的法律问题较为复杂，建议您在起诉前咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到有效维护。

综上所述，虽然被告公司注销后不能直接起诉该公司，但您仍有可能通过起诉公司的股东、发起人、出资人或承继者等方式来维护自身合法权益。关键在于根据具体情况确定正确的诉讼主体，并严格遵循法律程序进行起诉。希望这些建议能对您有所帮助。