核心结论：工作20年被辞退，中间有两年不在公司，赔偿问题需分情况讨论，主要取决于这两年不在公司的原因以及辞退的合法性。以下是具体分析：

1. 如果中间两年不在公司是经公司同意的合法事由（如停薪留职、借调、服兵役等）：

   • 在这种情况下，这两年通常应计入连续工龄。因此，从整体上看，您仍可视为在公司连续工作了20年。
   • 根据《劳动合同法》的规定，如果公司违法辞退您，应支付您20个月工资的赔偿金（每工作一年支付一个月工资的两倍）。
   • 如果公司是合法辞退（如因您严重违反公司规章制度等），则可能无需支付赔偿金，但需支付经济补偿金（具体数额根据辞退原因和合同约定而定，若因客观情况重大变化等合法原因辞退且协商不成，通常为工作年限对应的月工资，但此处因涉及违法辞退与合法辞退的区分，合法辞退下不一定严格按20年算补偿，需看具体情形，不过若从连续工龄角度整体考量合法解除的补偿上限等规定，此处先明确违法辞退的赔偿情况）。

2. 如果中间两年不在公司是未经公司同意的擅自离职或因个人原因离职后重新入职：

   • 在这种情况下，这两年通常不计入连续工龄。因此，您的连续工龄可能从重新入职之日起计算。
   • 如果公司违法辞退您，赔偿金将根据您重新入职后的工作年限来计算（即每工作一年支付一个月工资的两倍，但连续工龄重新起算，所以不是20个月）。
   • 如果公司是合法辞退，同样可能无需支付赔偿金，但需根据重新入职后的工作年限和辞退原因来支付经济补偿金（若有）。

3. 特殊情况：中间两年不在公司但劳动关系未解除：

   • 如果这两年您虽然未在公司工作，但劳动关系仍然存续（如公司安排您待岗、放假等），且公司未与您解除劳动合同，那么这两年应计入连续工龄。
   • 在这种情况下，如果公司违法辞退您，仍应支付您20个月工资的赔偿金。

建议：

• 首先，您需要明确中间两年不在公司的具体原因和性质，以及公司是否与您解除了劳动关系。
• 其次，您可以与公司协商赔偿事宜，如果协商不成，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
• 在仲裁或诉讼过程中，您需要提供相关证据来证明您的连续工龄和辞退的合法性（或违法性），如劳动合同、工资单、社保缴纳记录、公司通知等。

额外提醒：

• 赔偿金和经济补偿金是两个不同的概念，赔偿金是公司违法辞退时支付的，而经济补偿金是公司合法辞退时可能支付的。
• 具体的赔偿数额还可能受到当地最低工资标准、社会平均工资等因素的影响，因此在实际操作中需要综合考虑。

如果您有进一步的疑问或需要更详细的法律帮助，请随时向我咨询。