结论：针对您提出的“五三年土地证宅基地被无证者强占能否直接起诉”的问题，一般情况下，您可以直接向法院提起诉讼，要求无证者返还宅基地并赔偿损失，但具体还需根据实际情况和证据来综合判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律背景与依据
宅基地使用权保护：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，宅基地使用权是农村村民依法对集体所有的土地享有的占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让宅基地。
物权保护：
- 《中华人民共和国民法典》物权编明确规定了物权的保护原则，包括返还原物、排除妨害、消除危险等。当您的宅基地使用权受到侵害时，您有权依法请求侵害人承担民事责任。
二、起诉条件与流程
起诉条件：
- 您需要拥有合法的宅基地使用权证明（如五三年的土地证），这是证明您对宅基地享有合法权利的关键证据。
- 无证者确实存在强占宅基地的行为，且该行为未经您同意或未经法律程序。
- 您需要能够提供足够的证据证明无证者的强占行为，如现场照片、视频、证人证言等。
起诉流程：
- 撰写起诉状，明确诉讼请求（如返还宅基地、赔偿损失等）、事实和理由。
- 准备相关证据材料，包括土地证、强占行为的证据等。
- 向有管辖权的法院（通常是宅基地所在地法院）提交起诉状和证据材料。
- 等待法院受理并安排开庭审理。
三、可能遇到的法律问题与建议
证据收集与保全：
- 在起诉前，您需要尽可能收集并保全相关证据，以证明无证者的强占行为。如果证据不足或存在瑕疵，可能会影响您的诉讼请求。
- 建议：您可以寻求专业律师的帮助，协助您收集、整理和保全证据。
诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。但请注意，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 建议：如果您发现宅基地被强占后，应尽快采取行动，避免超过诉讼时效期间。
调解与和解：
- 在诉讼过程中，法院可能会组织双方进行调解或和解。如果双方能够达成一致意见，可以签订调解协议或和解协议，从而结束诉讼。
- 建议：您可以考虑在诉讼过程中积极寻求调解或和解的机会，以节省时间和成本。
四、特殊情况与注意事项
历史遗留问题：
- 如果您的宅基地使用权存在历史遗留问题（如土地证登记错误、权属争议等），可能会影响您的诉讼请求。
- 建议：在起诉前，您需要先解决宅基地使用权的历史遗留问题，确保您的权利得到合法确认。
行政干预与司法独立：
- 在处理宅基地纠纷时，可能会遇到行政干预的情况。但请记住，司法独立是法治社会的基本原则之一，法院将依法独立行使审判权。
- 建议：如果遇到行政干预的情况，您可以向法院提出异议，并寻求专业律师的帮助来维护您的合法权益。
最后，针对您提出的问题，我建议您先收集并保全相关证据，然后咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。