针对您提出的“乡科级退休人员护照被单位收回统一管理是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，我们需要明确的是，护照作为公民在国（境）外的身份凭证，其管理受到相关法律法规的严格规范。对于乡科级退休人员，虽然他们已经退休，但在某些情况下，他们仍可能被视为需要特殊管理的人员，这主要取决于他们是否属于“登记备案人员”的范畴。

根据《关于加强国家工作人员因私事出国（境）管理的暂行规定》以及《关于进一步加强党员干部出国（境）管理的通知》等文件规定，登记备案人员主要包括各级党政机关、人大、政协、人民法院、人民检察院、人民团体、事业单位在职的县（处）级以上领导干部，离（退）休的厅（局）级以上干部，以及金融机构、国有企业的法定代表人等特定人员。这些人员在因私出国（境）时，需要遵循更为严格的管理规定，包括因私出国（境）证件的保管要求。

对于登记备案人员，文件明确规定，他们已申领的因私出国（境）证件，应在回国（境）后10日内，交由所在单位组织人事部门集中保管。这一规定的目的在于加强对特定人员的出国（境）管理，防止他们未经批准擅自出国（境）或从事其他违规行为。

现在，我们回到您的问题上来。如果乡科级退休人员属于上述登记备案人员的范畴，那么他们的护照被单位收回统一管理就是合法的，因为这是按照相关规定执行的管理措施。然而，如果乡科级退休人员并不属于登记备案人员，那么单位收回其护照的行为就可能缺乏法律依据，需要进一步核实和解释。

此外，即使乡科级退休人员属于登记备案人员，单位在收回护照时也应遵循合法、合规的程序，确保他们的合法权益不受侵害。例如，单位应明确告知退休人员护照被收回的原因、保管期限以及取回护照的条件等，并在必要时提供相关的法律咨询和帮助。

综上所述，乡科级退休人员护照被单位收回统一管理是否合法，主要取决于他们是否属于登记备案人员的范畴以及单位在收回护照时是否遵循了合法、合规的程序。如果您对此仍有疑问或需要进一步的法律咨询，建议您咨询专业的法律机构或律师以获取更准确的解答。