结论：程序不合法确实可能导致证据无效，但具体是否无效需结合证据类型、程序违法程度及对当事人权益的影响等因素综合判断。以下从法律背景、具体情形及法律后果三个角度详细分析：

一、法律背景：程序违法与证据效力的关系

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十六条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第九十五条，通过严重违反法定程序收集的证据，可能被认定为非法证据并予以排除。这里的“严重违反法定程序”通常指：

1. 侵犯基本权利：如刑讯逼供、威胁、引诱、欺骗等非法方法获取的口供；
2. 违反法定形式：如未出示搜查证搜查、未见证人签字等；
3. 剥夺辩护权：如未依法通知辩护人到场、未保障当事人陈述申辩权等。

例外情形：若程序违法轻微（如笔录时间记录错误），且未影响证据真实性或当事人权利，证据可能仍被采纳。

二、具体情形：不同证据类型的程序要求

1. 物证、书证：

   • 非法搜查、扣押：若未出示搜查证或扣押清单，可能因程序违法被排除；
   • 例外：紧急情况下（如现场抓获、证据可能灭失）无证搜查，若事后补办手续且证据真实，可能被采纳。

2. 证人证言：

   • 未告知权利义务：如未告知证人作伪证的法律责任，证言可能因程序违法被排除；
   • 例外：若证人已自愿作证且内容真实，程序瑕疵可能不影响效力。

3. 被告人供述：

   • 刑讯逼供：通过暴力、威胁等方法获取的口供绝对排除；
   • 疲劳审讯：连续讯问超过法定时间（如24小时）且未保障休息，可能被认定为非法证据。

三、法律后果：证据无效的认定与救济

1. 认定程序：

   • 庭前会议：法院可依职权或当事人申请召开庭前会议，审查证据合法性；
   • 非法证据排除申请：当事人可在庭审中提出排除非法证据的申请，法院需调查核实；
   • 举证责任：控方需证明证据收集合法性（如提供讯问录像、同步录音录像等）。

2. 救济途径：

   • 一审阶段：及时提出排除申请，要求法院不采纳非法证据；
   • 二审阶段：若一审未排除，可上诉主张程序违法；
   • 申诉阶段：若判决生效后发现非法证据，可申请再审。

四、实务建议：如何应对程序违法问题

1. 保留证据：若怀疑证据收集程序违法，及时固定相关证据（如伤情照片、录音录像等）；
2. 提出申请：在庭审中明确提出排除非法证据的申请，并说明理由；
3. 咨询律师：程序违法问题专业性强，建议委托律师协助审查证据合法性。

总结：程序不合法可能导致证据无效，但需结合具体情形判断。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我会结合案情详细分析证据效力及应对策略。