结论前置：管理人确认已过诉讼时效的债权，会导致债权人丧失胜诉权及申请强制执行的权利，但实体权利依然存在，且债务人若自愿履行，债权人仍有权接受。同时，通过重新确认债权或与债务人协商，债权人仍有机会维护自己的合法权益。

一、法律后果分析

1. 实体权利依然有效：

   • 诉讼时效的届满，并不意味着债权债务关系的消灭。债权人的实体权利，即其对债务人的债权，依然存在。例如，甲对乙享有10万元的债权，即使诉讼时效经过，这10万元的债权在事实上依然有效。

2. 丧失胜诉权：

   • 一旦诉讼时效届满，债权人若向法院提起诉讼，且债务人提出诉讼时效抗辩，法院将不再支持债权人的诉讼请求。这意味着，债权人将面临败诉的风险，无法通过法律手段强制债务人履行债务。

3. 无法申请强制执行：

   • 在诉讼时效期间内，债权人若获得法院的生效判决或裁定，可申请强制执行。但诉讼时效过期后，即使之前获得了判决，债权人也失去了申请强制执行的权利，无法再通过法律手段强制债务人履行。

4. 债务人获得时效抗辩权：

   • 债务人可以诉讼时效届满为由，对抗债权人的履行请求。在诉讼过程中，若债务人提出时效抗辩，且法院查证属实，将驳回债权人的诉讼请求。

5. 自愿履行不受影响：

   • 即使诉讼时效届满，若债务人自愿履行债务，债权人仍有权接受。且债务人不能以诉讼时效已过为由，要求债权人返还已履行的债务。

6. 重新确认债权可重启诉讼时效：

   • 诉讼时效届满后，如果债务人通过书面方式（如签订还款协议）对原债务进行重新确认，诉讼时效将重新计算。这为债权人提供了新的法律保护期间，使其有机会再次通过法律手段追讨债务。

7. 举证可能面临困难：

   • 在诉讼过程中，债权人需承担举证责任。若债权已超过诉讼时效，相关证据可能因时间久远而丢失、毁损或难以获取，导致债权人在举证时面临更多困难。

二、处理建议

1. 尝试与债务人协商：

   • 尽管诉讼时效已过，债权人仍可与债务人进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。例如，可以协商达成新的还款协议，明确债务的数额、还款期限等关键条款。

2. 重新确认债权：

   • 通过签订新的书面协议来明确债务的数额、还款期限等关键条款，可以视为对原债务的重新确认。这将重启诉讼时效，为债权人提供新的法律依据来追讨债务。

3. 寻求专业法律帮助：

   • 面对复杂的法律问题，债权人可以向我咨询，我将根据具体情况提供针对性的法律建议和指导，帮助债权人制定合理的策略和手段来维护合法权益。

综上所述，管理人确认已过诉讼时效的债权，虽然会导致债权人丧失部分法律权利，但通过合理的策略和手段，债权人仍有可能成功维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。