货款未准时付清时，违约金的计算方式主要取决于合同约定和法律规定，具体如下：

1. 合同有明确约定：如果买卖双方在合同中明确约定了逾期付款违约金的计算方式（如按日计算一定比例的违约金，或约定固定金额的违约金），则一般按照合同约定执行。但需注意，如果约定的违约金过高或过低，违约方可以请求法院或仲裁机构予以调整。根据《民法典》及相关司法解释，违约金超过造成损失30%的，可能被认定为“过高”，法院有权酌情减少。

2. 合同未约定违约金：如果合同未约定逾期付款违约金，但约定了逾期付款利息或其他损失赔偿方式，则可按照约定主张利息或损失赔偿。若合同既未约定违约金，也未约定利息或损失赔偿，则守约方可以主张逾期付款造成的实际损失（如资金占用期间的利息损失）。根据《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》，此时可按照全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率（LPR）为基础，加计30%-50%计算逾期付款损失。

3. 违约金与损失赔偿的关系：如果合同约定的违约金低于实际损失，守约方可以请求法院或仲裁机构增加违约金至实际损失的数额；如果违约金高于实际损失，违约方可以请求减少。但需注意，违约金本身具有惩罚性和补偿性双重属性，法院在调整时会综合考虑合同履行情况、当事人过错程度等因素。

建议：

• 签订合同时，务必明确约定逾期付款违约金的计算方式（如“每日按未付款金额的0.05%支付违约金”），避免模糊表述。
  
• 若对方逾期付款，及时发送书面催款通知，固定证据，并保留沟通记录。
  
• 若协商无果，可依据合同约定或法律规定向法院起诉，主张违约金及实际损失。
  

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。