核心结论：当父亲和儿子的房产存在重合部分时，确权需根据重合原因及具体情况，通过协商、提供证据、申请确权登记或诉讼等途径解决。以下分情况详细说明：

1. 因继承导致房产重合

   • 情况说明：若父亲去世后，儿子作为继承人继承了部分房产，与父亲生前个人所有的其他房产或父亲与其他共有人共有的房产产生重合，比如父亲生前有一套个人房产A，去世后儿子继承了另一套与他人共有的房产B中的部分份额，而房产A与房产B在地理位置或产权范围上有部分重叠。
   • 确权方式：
     • 协商解决：家庭内部成员可以就重合部分的产权归属进行友好协商，达成一致意见后，签订书面协议明确各自的权利义务。例如，约定重合部分归儿子所有，儿子给予其他继承人一定的经济补偿等。
     • 提供证据确权：收集与继承相关的证据，如遗嘱（如果有）、亲属关系证明、死亡证明等，以证明自己对重合部分房产的继承权。然后向不动产登记机构申请变更登记，将重合部分的产权明确登记到自己名下。
     • 诉讼确权：如果协商不成，任何一方都可以向人民法院提起诉讼，由法院根据继承法的相关规定和具体证据，对重合部分的产权进行判决确权。

2. 因赠与导致房产重合

   • 情况说明：父亲将部分房产赠与儿子后，赠与的房产与父亲保留的房产或儿子原有的房产在产权范围上出现重合。比如父亲将自己名下的一套房产中的一部分房间赠与儿子，而这部分房间与儿子原有的房产相连或有部分重叠。
   • 确权方式：
     • 查看赠与合同：首先查看赠与合同的约定，如果合同中对重合部分的产权归属有明确约定，按照合同约定处理。例如，合同约定重合部分归儿子所有，那么儿子可以依据合同主张权利。
     • 协商补充约定：如果赠与合同对重合部分没有约定或约定不明确，双方可以协商补充约定重合部分的产权归属，并签订补充协议。
     • 申请登记或诉讼：协商一致后，向不动产登记机构申请办理产权变更登记。若协商不成，可通过诉讼途径，由法院根据赠与的事实、双方的意思表示等因素判决确权。

3. 因共同共有转按份共有导致房产重合

   • 情况说明：父亲和儿子原本对某套房产是共同共有关系，后来通过协议约定转为按份共有，在划分份额过程中出现房产重合的情况。比如一套房产原本由父亲和儿子共同共有，现约定父亲占60%份额，儿子占40%份额，但在实际划分时，双方对具体的产权范围存在争议，导致部分房产重合。
   • 确权方式：
     • 依据共有协议：以双方签订的共有协议为依据，明确各自在重合部分房产中的份额。如果协议中对重合部分有详细的划分说明，按照协议执行。
     • 重新协商划分：若协议对重合部分没有明确划分，双方可以重新协商，根据各自的份额和对房产的实际使用情况等因素，合理划分重合部分的产权，并签订新的协议。
     • 评估分割或诉讼：如果协商无法达成一致，可以委托专业的评估机构对房产进行评估，然后根据评估价值和各自的份额进行分割。也可以向法院提起诉讼，由法院根据实际情况判决重合部分的产权归属和分割方式。

在处理房产重合确权问题时，要注意保留好相关的证据材料，如房产证、合同、协议、付款凭证等，以便在需要时证明自己的权利。如果你在处理这类问题时遇到困难或有其他疑问，可以直接向我咨询。