结论：员工上班打卡被扣了贰佰元，这一行为是否合法需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析和建议。
一、公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 公司扣款的行为必须基于合法、合理且经过民主程序制定的规章制度。如果公司规章制度中明确规定了打卡迟到或未打卡的扣款标准，并且这一制度已经向员工公示或告知，那么公司扣款的行为在制度层面上是合法的。
规章制度内容：
- 规章制度中的扣款条款应当明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定。例如，扣款金额不得过高，不得超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%）。若扣款贰佰元超出了这一比例，则可能构成违法。
二、劳动合同的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了打卡迟到或未打卡的扣款条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同约定扣款是合法的。
劳动合同变更：
- 如果公司想要变更劳动合同中的扣款条款，必须与员工协商一致，并签订书面的变更协议。未经员工同意，公司不得单方面变更劳动合同内容。
三、实际操作与建议
核实规章制度与劳动合同：
- 员工应首先核实公司的规章制度和劳动合同中是否有关于打卡迟到或未打卡扣款的条款，以及这些条款是否合法、合理。
与公司沟通：
- 如果员工认为公司的扣款行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通，要求公司说明扣款的依据和理由，并出示相关的规章制度和劳动合同条款。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司返还被扣的款项。如果对劳动仲裁结果不满，还可以向人民法院提起诉讼。
保留证据：
- 在整个过程中，员工应保留好相关的证据，如工资条、打卡记录、公司规章制度、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
四、可能的法律后果
公司违法扣款：
- 如果公司违法扣款，员工有权要求公司返还被扣的款项，并可能要求公司支付相应的赔偿金。
员工维权成本：
- 员工在维权过程中可能需要投入一定的时间和精力，甚至可能需要支付一定的律师费等费用。因此，在决定是否维权时，员工应综合考虑各种因素。
总结与建议：员工上班打卡被扣了贰佰元，应首先核实公司的规章制度和劳动合同中是否有相关条款，并判断这些条款是否合法、合理。如果认为公司的扣款行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通，要求公司说明扣款的依据和理由。如果沟通无果，可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。在整个过程中，员工应保留好相关的证据，以便在需要时提供证明。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。