核心结论：在房产证缺失且房屋登记在父亲名下的情况下，直接过户给儿子存在法律障碍，但可通过以下两种途径尝试解决，具体需结合房屋性质和当地政策综合判断。

一、先补办房产证，再办理过户（推荐优先尝试）

1. 法律依据
   根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让需经依法登记才发生效力。房产证是房屋所有权的核心证明，缺失房产证意味着无法直接证明房屋权属，过户缺乏法定要件。

2. 操作步骤

   • 第一步：补办房产证
     需由父亲（原登记权利人）向当地不动产登记中心申请补办，通常需提供：

     • 房屋建设审批文件（如宅基地使用证、建设规划许可证等）；
       
     • 身份证明（父亲身份证、户口本）；
       
     • 村委会或乡镇政府出具的房屋权属证明（需盖章确认）；
       
     • 其他可能需要的材料（如测绘报告、完税证明等）。
       注：若房屋为宅基地上自建房，还需符合“一户一宅”原则，且儿子需为本村集体经济组织成员。
       

   • 第二步：办理过户
     补办房产证后，父亲与儿子可签订《房屋买卖合同》或《赠与合同》，并共同到不动产登记中心办理过户登记，缴纳契税、印花税等税费。

3. 风险提示

   • 若房屋存在权属争议（如共有权人反对、存在抵押或查封），补办房产证可能受阻；
     
   • 宅基地房屋过户需严格遵守集体土地管理规定，非本村成员无法受让。

二、通过“确权+继承”或“确权+赠与”间接过户（备选方案）

1. 适用场景
   若因历史原因无法补办房产证（如房屋建设手续不全），可先通过法律程序确认房屋权属，再通过继承或赠与完成过户。

2. 操作步骤

   • 第一步：确权诉讼
     父亲作为原告，向法院提起“所有权确认之诉”，要求确认房屋归其所有。需提供：

     • 房屋建设出资证明（如购房合同、建房支出凭证）；
       
     • 长期占有、使用房屋的证据（如水电费缴纳记录、邻居证言）；
       
     • 村委会或乡镇政府出具的权属证明。
       法院判决确认权属后，可凭判决书申请补办房产证。

   • 第二步：继承或赠与过户

     • 继承：若父亲去世，儿子可凭遗嘱或法定继承证明（如亲属关系证明、死亡证明）办理过户；
       
     • 赠与：父亲在世时，可签订赠与合同并公证，再办理过户（需缴纳契税）。

3. 风险提示

   • 确权诉讼周期较长（通常3-6个月），且需承担诉讼费用；
     
   • 赠与过户需缴纳3%-5%的契税，成本高于买卖过户。

三、特殊情况：小产权房或违建房屋

若房屋属于“小产权房”（无合法建设手续）或违建房屋，则无法通过上述途径过户，且可能面临被拆除或没收的风险。此时建议：

1. 暂缓交易，避免法律风险；
   
2. 咨询当地国土部门或乡镇政府，了解房屋合法化可能性（如补办手续、缴纳罚款等）。

建议：优先尝试补办房产证后过户，若遇障碍可考虑确权诉讼。具体操作前，建议携带房屋相关材料（如建设审批文件、权属证明等）到当地不动产登记中心或乡镇政府咨询政策，确保方案合法可行。如有进一步疑问，可直接向我咨询。