行政协议诉讼案件在特定条件下可以适用先予执行。以下是对这一问题的详细分析：
一、先予执行的基本概念
先予执行，是指在行政诉讼过程中，人民法院在作出终审判决前，根据当事人的申请（主要为原告，特定情况下也包括被告或具体行政行为确定的权利人），裁定一方当事人预先给付另一方当事人一定数额的金钱、财物，或者实施、停止某种行为，并立即付诸执行的一种法律制度。这一制度旨在及时保护当事人的合法权益，特别是在涉及紧急支付或行为需求的案件中。
二、行政协议诉讼案件适用先予执行的条件
权利义务关系明确：在行政协议诉讼案件中，双方的权利义务关系必须清晰无争议。这是先予执行的前提条件，确保法院能够准确判断哪一方应预先履行义务。
紧急性与必要性：不先予执行将严重影响原告的生活或生产经营，甚至可能造成难以弥补的损失。例如，在涉及抚恤金、最低生活保障金、工伤及医疗社会保险金等紧急支付案件中，若不及时执行，将严重影响原告的基本生活。
被申请人有履行能力：确保被申请人具备实际履行先予执行裁定的能力。这是先予执行得以实现的关键，若被申请人无履行能力，则先予执行将失去意义。
书面申请与证据材料：申请人需提交书面申请，详细说明先予执行的请求、事实和理由，并提供必要的证据材料支持其申请。这是法院审查先予执行申请的重要依据。
三、行政协议诉讼案件适用先予执行的法律依据
《中华人民共和国行政诉讼法》第五十七条：该条款明确规定，对于行政机关没有依法支付抚恤金、最低生活保障金和工伤、医疗社会保险金的案件，若权利义务关系明确且不先予执行将严重影响原告生活，法院可以根据原告的申请裁定先予执行。虽然该条款未直接提及行政协议诉讼案件，但行政协议诉讼案件若涉及上述紧急支付情形，同样可以适用先予执行制度。
《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》：该解释进一步确认了裁定适用于包括先予执行在内的多种情形，为行政诉讼先予执行的裁定提供了明确的法律基础。
四、行政协议诉讼案件适用先予执行的实践意义
及时保护权益：先予执行制度能够迅速缓解原告的生活困境，特别是在涉及民生问题的案件中，如抚恤金、最低生活保障金等，能够及时保护原告的合法权益。
提高诉讼效率：通过先予执行，可以加快诉讼进程，提高行政诉讼的效率，减少因拖延执行而给原告带来的不必要损失。
彰显公正性：先予执行制度确保了行政机关在法定义务上的及时履行，维护了法律的权威性和公正性，增强了公众对法治的信任。
五、注意事项
申请先予执行需谨慎：由于先予执行具有临时性和风险性特点，申请人在使用该制度时需严格遵循法定条件和程序要求，确保申请合理合法。
复议权利：当事人对先予执行裁定不服的，有权申请复议一次。复议期间不停止裁定的执行，但法院应对复议申请进行及时审查，并在发现原裁定有误时作出新的裁定予以撤销或变更。
风险承担：若先予执行后申请人最终败诉，需赔偿被申请人因此遭受的财产损失。因此，在申请先予执行时应谨慎考虑并充分准备。
总结来说，行政协议诉讼案件在特定条件下可以适用先予执行制度。这一制度旨在及时保护当事人的合法权益，特别是在涉及紧急支付或行为需求的案件中。然而，由于其具有临时性和风险性特点，申请人在使用该制度时需严格遵循法定条件和程序要求。如果您有具体的行政协议诉讼案件需要咨询或申请先予执行，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。