针对“公司未注册6年后怎么起诉”这一问题，核心前提是公司未注册即以非合法主体身份运营，且已过去6年，这涉及诉讼主体资格和诉讼时效两个关键问题。以下分情况说明：

1. 关于诉讼主体资格

• 未注册公司的法律地位：根据《公司法》及相关规定，未依法登记注册的公司不具备法人资格，不能以公司名义参与诉讼。若需起诉，需明确实际经营主体（如实际控制人、股东或合伙个人）。
• 实际操作建议：
  • 若公司以“某某公司”名义对外经营，但未注册，可起诉实际经营的个人（如负责人、股东）或合伙协议中的主体。
  • 需收集证据证明实际经营关系（如合同、转账记录、沟通记录等），以确定被告身份。

2. 关于诉讼时效

• 一般诉讼时效：根据《民法典》第188条，民事权利诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。
• 特殊情况：
  • 若纠纷涉及持续侵权（如长期拖欠货款），诉讼时效可能从最后一次侵权行为结束时起算。
  • 若存在诉讼时效中断情形（如对方承诺还款、双方协商等），时效可重新计算。
• 6年后的风险：若纠纷发生已满6年且无中断或延长情形，可能已过诉讼时效，对方可提出抗辩，导致败诉风险。

3. 具体起诉步骤

• 确定被告：明确实际经营主体（个人或合伙），收集其身份信息（如身份证号、住址等）。
• 准备证据：包括合同、交易记录、沟通记录、证人证言等，证明纠纷事实及对方责任。
• 撰写起诉状：明确诉讼请求（如还款、赔偿等）、事实与理由，并附证据清单。
• 向法院提交：向被告住所地或合同履行地法院提交起诉状及证据，缴纳诉讼费。

4. 风险提示与建议

• 诉讼时效风险：若已过时效，可尝试与对方协商达成还款协议（可中断时效），或通过其他方式补救。
• 证据充分性：未注册公司纠纷常因证据不足败诉，建议提前整理所有交易记录及沟通材料。
• 专业协助：此类案件涉及主体资格认定和时效计算，建议委托律师协助处理，以提高胜诉率。

总结：公司未注册6年后仍可起诉，但需明确实际被告、克服诉讼时效障碍，并准备充分证据。具体操作中，建议优先咨询律师，制定针对性策略。如有进一步问题，可直接向我提问。