公司审计是否会查员工流水，这取决于具体情况，但核心原则是必须确保行为合法合规，不侵犯员工合法权益。以下是从不同角度的详细分析：
一般情况下不查员工流水：
- 常规的公司审计主要聚焦于公司整体的财务状况、经营成果以及现金流量，其核心目标是审查财务报表的真实性、合法性以及内部控制的有效性。
- 审计的对象通常是公司的账目、凭证、财务报告等资料，并不涉及员工个人银行流水的检查，这是出于对员工个人隐私的尊重。
特定情况下可能查员工流水：
- 涉及员工相关业务审查：若审计过程中发现与员工业务活动相关的异常情况，如怀疑员工存在舞弊行为（如虚报费用、回扣、挪用公款等），为获取确凿证据，审计人员可能会要求查看涉事员工与业务相关的银行流水。例如，某销售人员负责区域销售额异常偏低但费用报销高，审计人员可能调查该员工银行流水，以查明是否存在不当行为。
- 配合外部调查或司法要求：当公司面临外部监管机构调查（如税务部门、证券监管机构）或涉及司法诉讼时，若相关部门或司法机关要求提供员工与特定事项有关的流水信息，公司审计需协助收集并提供。如税务部门怀疑公司员工收入未足额申报纳税，要求公司提供部分员工收入流水，公司审计应依法配合。
- 公司内部政策规定：部分公司出于严格管理和风险防控的目的，可能在员工入职时通过内部规章制度或签订协议等方式，明确规定在特定情况下（如内部调查、合规审查）公司有权查看员工银行流水。在这种情况下，若公司启动相关审计程序且符合内部规定条件，可能会查看员工流水。
合法合规性要求：
- 无论何种情况下，公司查看员工银行流水都必须确保行为合法合规，不得侵犯员工的合法权益。
- 若需查看员工流水，公司应事先告知员工并征得同意（除非法律另有规定），或依据合法有效的内部规章制度或协议进行。这是保护员工隐私权的重要体现，也是公司合规运营的基本要求。
法律建议：
- 对于公司而言，在审计过程中若需查看员工银行流水，应确保行为合法合规，并事先与员工进行充分沟通，解释查看流水的目的和必要性，以维护良好的员工关系。
- 对于员工而言，若公司提出查看其银行流水的要求，应首先了解公司的内部规章制度或协议中是否有相关规定，并评估该要求的合法性和合理性。若认为公司的要求侵犯了其合法权益，可以与公司进行协商或寻求法律援助。
可能法律后果：
- 若公司未经员工同意或未依据合法有效的内部规章制度或协议而擅自查看员工银行流水，可能构成对员工隐私权的侵犯，员工有权要求公司停止侵权行为并承担相应的法律责任。
- 若员工因公司查看其银行流水而遭受损失（如名誉损害、经济损失等），员工有权要求公司进行赔偿。
综上所述，公司审计是否会查员工流水需根据具体情况判断，但必须确保行为合法合规且不侵犯员工合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。