结论：一般情况下，若银行协商定时还款后又自动扣款，且自动扣款金额已覆盖协商还款金额，通常不需要重新还款；但若存在特殊情况，如扣款金额不足、协商还款协议有特别约定等，则可能需要重新还款或补足差额。以下为具体分析：

1. 自动扣款金额已覆盖协商还款金额

   • 法律关系分析：在银行与借款人协商定时还款的情境下，双方实际上形成了一种新的还款安排约定。当银行按照其系统设置自动扣款，且扣款金额等于或大于协商确定的还款金额时，从合同履行角度，借款人已经完成了其在协商还款协议中的主要义务。
   • 实务操作考量：银行系统自动扣款是基于其内部操作流程和与借款人之间的账户关联设置。一旦扣款成功，银行系统会有相应的记录，表明借款人已经履行了还款义务。在这种情况下，借款人无需再重新进行还款操作，否则可能导致重复还款的情况发生。
   • 证据留存建议：借款人应保留好自动扣款的相关凭证，如银行扣款短信通知、银行账户交易明细等，以证明自己已经按时足额还款。这些凭证在后续可能出现的纠纷中，将作为重要的证据来维护自己的合法权益。

2. 自动扣款金额不足协商还款金额

   • 法律责任认定：如果自动扣款金额小于协商确定的还款金额，那么借款人仍然有义务补足剩余的还款金额。因为协商还款协议是双方真实意思的表示，借款人应当按照协议约定的金额履行还款义务。自动扣款只是银行的一种收款方式，不能免除借款人剩余的还款责任。
   • 补足还款的方式：借款人应及时与银行沟通，了解扣款不足的原因，并按照银行的要求，通过指定的方式补足剩余的还款金额。例如，可以通过银行柜台、网上银行、手机银行等渠道进行转账还款。
   • 逾期风险防范：若借款人未及时补足剩余还款金额，可能会导致逾期还款的情况发生。逾期还款不仅会产生逾期利息和罚息，增加借款人的还款成本，还可能会对借款人的个人信用记录产生不良影响，影响其今后的贷款、信用卡申请等金融活动。

3. 协商还款协议有特别约定

   • 协议优先原则：如果协商还款协议中有特别约定，例如约定在自动扣款后，借款人仍需进行某种确认操作或按照特定方式再次还款等，那么借款人应当遵守协议的约定。因为合同是双方自愿达成的协议，具有法律约束力，双方都应当按照协议的约定履行自己的义务。
   • 约定不明处理：若协商还款协议对自动扣款后的还款事宜约定不明确，双方可以协商补充约定。如果无法达成补充协议，则应根据合同的相关条款、交易习惯以及诚实信用原则来确定双方的权利和义务。在这种情况下，借款人可以与银行沟通协商，寻求合理的解决方案。