核心结论：您可以先与银行沟通要求停止自动扣款并核实协商方案执行情况；若沟通无果，可通过投诉、协商变更还款方式或寻求法律途径解决。以下是具体分析：

一、先与银行沟通，要求停止自动扣款并核实协商方案

1. 沟通目的：您与银行已经协商好了还款方案，银行却仍自动扣款，这可能存在信息同步不及时或系统操作失误等问题。您需要第一时间与银行取得联系，明确告知银行您们已经达成的还款方案，要求银行停止自动扣款行为，并核实协商方案是否在银行系统中正确录入和执行。
2. 沟通方式：您可以选择拨打银行客服电话，向客服人员详细说明情况；也可以前往银行营业网点，与柜台工作人员当面沟通。在沟通时，要注意保留好沟通记录，如通话录音、聊天记录等，以备后续需要。

二、若银行拒绝停止扣款或未妥善处理，可向相关部门投诉

1. 投诉渠道：如果与银行沟通后，银行仍然拒绝停止自动扣款或者没有给出合理的解决方案，您可以向银行的上级主管部门或者监管机构进行投诉。例如，向当地的银保监局反映情况，银保监局有责任对银行的违规行为进行监管和查处。
2. 投诉材料：在投诉时，您需要准备好相关的证据材料，如您与银行签订的协商还款协议、银行自动扣款的记录、与银行沟通的记录等。这些证据材料将有助于监管机构了解事情的真相，更好地维护您的合法权益。

三、与银行协商变更还款方式，避免自动扣款

1. 协商内容：为了避免类似情况再次发生，您可以与银行协商变更还款方式。例如，将自动扣款改为手动还款，您可以在每个还款周期按照协商好的还款方案，主动将款项存入指定的还款账户。
2. 协商要点：在协商变更还款方式时，要与银行明确还款的时间、金额、方式等细节，并要求银行出具相关的书面协议或者确认函，以确保双方的权益得到保障。

四、若因银行自动扣款给您造成损失，可寻求法律途径解决

1. 损失认定：如果银行的自动扣款行为给您造成了经济损失，如导致您其他账户资金不足产生逾期费用、影响您的信用记录等，您需要收集相关证据，证明损失与银行自动扣款行为之间的因果关系。
2. 法律途径：您可以根据具体情况，选择向法院提起民事诉讼，要求银行承担相应的赔偿责任。在诉讼过程中，要遵循法律程序，提供充分的证据支持自己的主张。

在处理此类问题时，您要保持冷静，按照上述步骤有序进行。如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的帮助，都可以直接向我咨询。