结论：两个公司同时设立一家医疗机构，其中一家公司注销后，医疗机构能否正常存续，取决于多种因素，包括注销公司的性质、医疗机构设立时的法律结构、以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 注销公司的性质与医疗机构设立时的法律结构

   • 若注销公司为医疗机构的主要或唯一出资方：在此情况下，如果注销公司是医疗机构的主要或唯一出资方，并且其注销导致了医疗机构出资结构的根本性变化，那么医疗机构的存续可能会受到影响。具体来说，如果医疗机构是依据注销公司的出资而设立，且注销后没有其他合适的出资方接替，那么医疗机构可能因缺乏必要的资金或法律支持而无法继续运营。
   • 若注销公司仅为医疗机构出资方之一：如果注销公司只是医疗机构众多出资方中的一个，并且其注销并未导致医疗机构出资结构的根本性变化，那么医疗机构在理论上仍然可以继续存续。然而，这还需要考虑医疗机构设立时的相关协议或章程中是否有关于出资方变更或注销时的特别规定。

2. 相关法律法规的规定

   • 医疗机构设立与运营的法律法规：医疗机构的设立和运营通常受到严格的法律法规监管。这些法规可能规定了医疗机构的出资方、管理结构、运营要求等方面的内容。因此，在一家出资方注销后，医疗机构需要仔细审查相关法律法规，以确定其是否仍然符合运营条件。
   • 公司注销后的法律后果：公司注销后，其法律主体资格将消灭，这意味着注销公司将不再承担任何法律责任或享有任何法律权利。因此，如果医疗机构在运营过程中依赖于注销公司的某些法律权利或资源，那么这些依赖关系可能会因注销公司的消灭而受到影响。

3. 实际操作中的考虑因素

   • 医疗机构的管理与运营：即使医疗机构在法律上仍然符合存续条件，其实际管理和运营也可能面临挑战。例如，注销公司的管理人员可能不再参与医疗机构的运营，这可能导致医疗机构在管理上出现真空或混乱。
   • 与其他出资方或相关方的协商：在一家出资方注销后，医疗机构可能需要与其他出资方或相关方进行协商，以确定如何继续运营或调整出资结构。这些协商可能涉及复杂的法律和商业问题，需要谨慎处理。

建议：

• 审查相关法律法规与协议：首先，医疗机构应仔细审查其设立时的相关法律法规和协议或章程，以确定注销公司注销后对其存续的影响。
• 咨询专业律师：由于医疗机构设立与运营涉及复杂的法律问题，建议医疗机构咨询专业律师以获取具体的法律建议。我可以为你提供公司法务领域的专业咨询，帮助你分析具体情况并给出合适的建议。
• 与其他出资方或相关方协商：如果可能的话，医疗机构应与其他出资方或相关方进行协商，以寻求继续运营或调整出资结构的解决方案。

可能后果：

• 如果医疗机构无法符合相关法律法规的要求或无法与其他出资方或相关方达成协议，那么其可能面临被吊销执业许可证、被迫关闭等严重后果。因此，医疗机构应认真对待这一问题，并采取积极措施以维护其合法存续和运营。