结论：一般情况下，未开发票不能成为拒绝支付后期款项且不承担延期付款违约责任的合法理由，但在特定情形下可能存在例外。以下为你详细分析：

1. 常规合同关系中

   • 发票与付款义务的关系：在大多数合同关系里，开具发票是收款方的附随义务，而支付款项是付款方的主合同义务。附随义务和主合同义务是不同性质的义务，不能因为一方未履行附随义务（未开发票）就免除另一方主合同义务（支付款项）。例如，在买卖合同中，买方的主要义务是按照合同约定支付货款，卖方的主要义务是交付符合质量要求的货物，同时卖方有开具发票的附随义务。如果卖方未开具发票，买方不能据此拒绝支付货款，否则就构成了违约。
   • 违约责任的承担：如果付款方以未开发票为由拒绝支付后期款项，导致收款方遭受损失的，付款方除了要继续履行支付款项的义务外，还可能需要承担延期付款的违约责任。违约责任的形式可能包括支付违约金、赔偿损失等。具体的违约责任承担方式要根据合同中的约定以及实际损失情况来确定。例如，合同中约定了延期付款的违约金计算方式，那么付款方就需要按照该方式向收款方支付违约金。

2. 合同有特别约定时

   • 约定优先原则：如果合同双方在合同中明确约定了“先开发票后付款”或者“不开具发票有权拒绝付款且不承担违约责任”等类似条款，那么在这种情况下，未开发票可能会成为拒绝支付后期款项且不承担延期付款违约责任的合法理由。因为根据合同自由原则，合同双方有权在法律允许的范围内对各自的权利和义务进行约定，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗，就应当受到法律的保护。
   • 约定的有效性审查：然而，即使合同中有这样的特别约定，也需要对该约定的有效性进行审查。如果该约定存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，可能会导致约定无效或可撤销。例如，一方利用自己的优势地位，迫使对方接受不合理的“先开发票后付款”条款，且该条款明显对对方不利，那么对方在法定期限内有权请求人民法院或仲裁机构撤销该条款。

3. 税务法规的考量

   • 税务合规要求：从税务法规的角度来看，开具发票是企业的法定义务。收款方应当按照规定向付款方开具发票，付款方也有权要求收款方开具发票。如果收款方未开具发票，可能会面临税务机关的处罚。但这并不意味着付款方可以因此拒绝支付款项。付款方应当通过合法途径督促收款方开具发票，例如向税务机关举报等，而不是直接拒绝支付款项。
   • 税务风险与合同责任的区分：付款方不能因为担心收款方未开具发票会给自己带来税务风险，就拒绝支付款项。税务风险和合同责任是两个不同的问题，付款方应当分别采取措施加以解决。如果因为收款方未开具发票导致付款方遭受税务损失，付款方可以要求收款方承担赔偿责任，但这与支付款项的义务是相互独立的。

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