当农用三轮车被交警查到后，其处理方式会依据车辆性质、驾驶人资质以及具体的违法行为来综合判定。以下是对这一问题的详细解答：

一、车辆性质的影响

首先，要明确农用三轮车是否被认定为机动车。如果它被归类为机动车，那么相关的处罚将会更为严格，可能包括罚款、拘留等。相反，如果它被认定为非机动车，处罚可能会相对较轻，但具体还需依据当地的法规来确定。

二、驾驶人资质的影响

1. 无证驾驶：如果驾驶人未取得机动车驾驶证，或者驾驶证被吊销、暂扣期间仍然驾驶机动车，那么将面临200元以上2000元以下的罚款，并可能并处15日以下的拘留。

2. 有证驾驶：如果驾驶人持有有效的驾驶证，但存在其他违法行为，如超载、未按规定年检等，那么将根据具体的违法行为进行相应的处罚。

三、具体违法行为的处罚

1. 无牌无证驾驶：

   • 罚款：如果农用三轮车未依法登记上牌就上路行驶，将面临20元以上200元以下的罚款；如果同时存在无证驾驶的情况，罚款将提升至200元以上2000元以下。
   • 拘留：无证驾驶的情况下，还可能并处15日以下的拘留。

2. 未按规定年检：

   • 如果农用三轮车未按规定期限进行安全技术检验，将面临警告或者20元以上200元以下的罚款，并要求限期完成年检。

3. 超载：

   • 货运超载：如果农用三轮车超过核定载质量，将面临200元以上500元以下的罚款；如果超载30%或者违反规定载客，罚款将提升至500元以上2000元以下。
   • 客运超载：农用三轮车一般不允许从事客运，如果违法从事且超载，将根据超载情况面临200元以上2000元以下的罚款，并扣留机动车至违法状态消除。

4. 其他交通违法行为：

   • 如闯红灯、逆行、随意变道等，将根据具体行为面临警告或者20元以上200元以下的罚款。
   • 违法载人：可能面临罚款，具体数额由当地政府确定（例如，在某些地区可能处以200元罚款）。
   • 未佩戴安全头盔：可能面临罚款或暂扣车辆的处罚。
   • 非法改装、加装：将受到严厉打击，包括罚款、扣留车辆甚至强制没收等。
   • 酒驾、醉驾：将受到严厉处罚，包括暂扣或吊销驾驶证、罚款甚至拘留等。

四、处理流程与注意事项

在接受处罚后，驾驶人需要按照交警的指示及时缴纳罚款，并配合完成相关手续以取回被扣留的车辆。同时，驾驶人应严格遵守道路交通安全法律法规，确保车辆合法合规上路行驶，以保障自身和他人的安全。

综上所述，农用三轮车被交警查到后的处理方式因多种因素而异。为了确保行车安全并避免不必要的法律后果，驾驶人应时刻保持警惕并遵守交通法规。