在起诉离婚案件中，关于两个孩子抚养权的判决，法院会秉持着确保孩子最佳利益的原则，进行全面而细致的考量。以下是对这一问题的详细解答：

一、判决的核心原则

法院在判决抚养权时，首要且核心的原则是孩子的最佳利益原则。这意味着法院会综合考虑孩子的身心健康、合法权益以及成长环境，确保他们能在最有利的环境中成长。

二、不同年龄段子女的抚养权考量

1. 不满两周岁的子女：

   • 原则上，不满两周岁的子女由母亲直接抚养，因为婴儿对母亲有更强的依赖性，且母亲通常能提供更适宜的成长环境。
   • 但若母亲存在久治不愈的传染性疾病、严重疾病、不尽抚养义务或其他不宜与孩子共同生活的情况，法院会考虑将子女判给父亲抚养。

2. 已满两周岁的子女：

   • 对于已满两周岁的子女，法院会综合考虑父母的抚养能力（如经济收入、居住条件、教育背景等）、抚养意愿、孩子的生活习惯以及父母的品德和行为等因素。
   • 若双方抚养条件基本相当，且孩子长期与祖父母或外祖父母共同生活，且他们有能力并愿意帮助照顾，这也会成为法院判决时的优先考量因素。

3. 已满八周岁的子女：

   • 对于已满八周岁的子女，法院会尊重他们的真实意愿，通过谈话、问卷等方式了解他们的想法和选择。
   • 同时，法院也会结合其他相关因素进行综合判断，以确保判决最符合孩子的最佳利益。

三、可能的判决结果

1. 两个孩子都归一方抚养：

   • 若一方抚养条件优越，且有意愿和能力抚养两个孩子，或两个孩子相互依赖程度较高，分开抚养不利，法院可能会将两个孩子的抚养权都判给这一方。另一方则需支付相应的抚养费。

2. 一个孩子归一方抚养，另一个归另一方：

   • 当父母双方抚养条件相当，且都主张抚养孩子时，法院可能会判决双方各自抚养一个孩子。这样既能平衡双方的抚养负担，又能保持孩子与父母的亲密关系。

3. 共同抚养：

   • 在双方都具备抚养条件且愿意共同抚养的情况下，法院也可能判决双方共同抚养两个孩子。但这需要双方的高度合作和协调能力，以确保孩子能在稳定和谐的环境中成长。

四、注意事项与建议

• 尽量减少对孩子的影响：法院在判决时会尽量考虑不改变孩子的生活环境，以减少对孩子的心理和生活影响。
• 父母责任不可推卸：无论判决结果如何，父母双方都有抚养和教育子女的义务和责任。离婚后，双方仍应积极履行这些义务，为孩子的健康成长创造有利条件。
• 寻求专业帮助：在协商不成或面临复杂情况时，建议双方寻求专业律师的帮助。律师能提供更具体、更专业的法律建议，帮助双方更好地了解自己的权利和义务，并争取最有利的判决结果。

综上所述，法院在判决起诉离婚案件中两个孩子的抚养权时，会综合考虑多种因素，以确保判决最符合孩子的最佳利益。希望这些解答能对您有所帮助。