在医疗纠纷中，若病例混乱但已做出医疗鉴定为次要责任，后续处理方式需根据具体情况分步骤进行：

1. 明确鉴定结论的法律效力
   医疗鉴定结论（如医学会鉴定或司法鉴定）是处理医疗纠纷的核心证据。若鉴定明确医疗机构承担次要责任（通常指责任比例在20%-40%之间），该结论具有法律效力，可直接作为赔偿计算的依据。但需注意：

   • 若对鉴定程序或结论有异议（如病例混乱影响鉴定公正性），可在收到鉴定报告后15日内向原鉴定机构或上级部门申请补充鉴定、重新鉴定；
     
   • 若病例混乱导致鉴定依据不充分，可主张鉴定结论存在瑕疵，要求重新委托鉴定机构进行复核。

2. 梳理病例混乱的具体情形
   病例混乱可能涉及以下问题，需针对性处理：

   • 病例缺失或篡改：若医疗机构未按规定书写、保管病例，或存在伪造、隐匿行为，可直接依据《民法典》第1222条主张推定医疗机构过错，无需依赖鉴定结论；
     
   • 病例内容矛盾：若病例记录与实际诊疗过程不符（如手术记录与麻醉记录时间冲突），可要求鉴定机构对矛盾点进行说明，或通过其他证据（如监控录像、药品使用记录）佐证实际诊疗行为；
     
   • 鉴定材料不完整：若鉴定时未提供关键病例（如术前讨论记录、知情同意书），可申请补充鉴定或要求鉴定机构出具书面说明，明确未提供材料对责任划分的影响。

3. 通过法律程序主张权利
   若对次要责任结论或赔偿比例不满，可采取以下措施：

   • 协商调解：与医疗机构协商，结合病例混乱情况争取调整责任比例（如从30%提升至40%）；
     
   • 行政投诉：向当地卫健委投诉医疗机构病例管理违规，通过行政压力推动纠纷解决；
     
   • 诉讼解决：向法院起诉，在诉讼中申请重新鉴定或要求鉴定人出庭接受质询，同时提交其他证据（如专家辅助人意见）推翻原鉴定结论。

4. 赔偿计算的注意事项
   即使鉴定为次要责任，赔偿范围仍需根据实际损失确定：

   • 医疗费、误工费等直接损失：按责任比例分担；
     
   • 残疾赔偿金、死亡赔偿金：若构成伤残或死亡，需结合伤残等级或死亡后果计算全额赔偿，再按责任比例分担；
     
   • 精神损害抚慰金：法院可根据病例混乱的过错程度、患者损害后果等因素酌情支持。

行动建议：

1. 立即复印并封存全部病例（包括主观病例和客观病例），避免医疗机构进一步修改；
   
2. 委托专业医疗律师分析病例混乱的具体影响，评估是否需要申请重新鉴定；
   
3. 根据律师意见选择协商、投诉或诉讼途径，确保责任划分和赔偿计算合法合理。
   

如有进一步证据或疑问，可直接向我提供具体材料，我将结合案例细节为您制定详细方案。