可以与对方子公司签订协议，但需满足一定条件并注意相关事项。以下从法律角度进行详细分析：

1. 子公司具有独立法人资格：

   • 子公司虽然受总公司控制或影响，但通常具有独立的法人资格。这意味着子公司能够以自己的名义从事民事活动，包括签订合同，并能独立承担民事责任。因此，从法律上讲，与子公司签订协议是可行的。

2. 合同有效性要件：

   • 与子公司签订的协议，只要满足合同有效的一般要件，即视为有效。这些要件包括：双方（即您和子公司）具有相应的民事行为能力、意思表示真实、合同内容不违反法律法规的强制性规定以及不违背公序良俗。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 明确权责关系：在签订协议前，务必明确子公司与总公司之间的关系以及各自的权力和责任边界。这有助于避免未来可能出现的纠纷或矛盾，特别是在涉及责任承担时。
   • 审查子公司资质：了解子公司的经营状况、财务状况以及信誉情况，确保其具备履行合同的能力。这可以通过查询子公司的工商注册信息、财务报表以及相关行业评价等方式进行。
   • 合同条款细化：在协议中详细约定双方的权利义务、违约责任以及争议解决方式等条款。这有助于在合同履行过程中明确双方的责任，减少争议的发生。

4. 风险提示：

   • 业务或财务混同风险：如果子公司与总公司在业务、财务等方面存在高度混同的情况，应谨慎对待。在这种情况下，子公司可能无法独立承担民事责任，导致您的权益受损。因此，建议只与其中一个实体签订合同，以降低潜在的法律风险。
   • 合同履行风险：在合同履行过程中，密切关注子公司的经营状况和财务状况。如果发现子公司出现经营困难或财务危机等情况，及时采取措施保护自己的权益，如要求提供担保、提前终止合同等。

举例说明： 假设您是一家供应商，计划与某大型企业的子公司签订供货合同。在签订合同前，您了解到该子公司具有独立的法人资格，且经营状况良好、财务状况稳定。于是，您与该子公司签订了供货合同，并详细约定了供货数量、价格、交货时间以及违约责任等条款。在合同履行过程中，子公司按时支付了货款，您也按时提供了货物，双方合作顺利。

总结与建议： 与对方子公司签订协议是可行的，但需确保子公司具有独立法人资格、合同内容合法且双方意思表示真实。在签订合同前，务必明确子公司与总公司之间的关系以及各自的权力和责任边界，并审查子公司的资质和信誉情况。在合同履行过程中，密切关注子公司的经营状况和财务状况，及时采取措施保护自己的权益。如果您在签订或履行合同过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。