有关单位在纪检监察机关、公安机关调查刑事案件进行调查取证时，确实负有配合义务。这一结论主要基于以下几点法律分析和实践考量：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十二条：“人民法院、人民检察院和公安机关有权向有关单位和个人收集、调取证据。有关单位和个人应当如实提供证据。”这一条款明确规定了有关单位在刑事案件调查中的配合义务。
- 同时，《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》等相关党内法规，也规定了被调查对象所在单位或相关单位在纪检监察机关调查时的配合义务，尽管这些规则主要针对党内纪律审查，但同样体现了对配合调查义务的重视。
配合义务的具体内容：
- 有关单位在接到纪检监察机关或公安机关的调查取证通知后，应当积极配合，提供所需的文件、资料、信息等。
- 如果有关单位拒绝配合或提供虚假信息，可能会面临法律责任，包括但不限于罚款、行政处罚，甚至可能构成犯罪（如帮助毁灭、伪造证据罪）。
不配合的法律后果：
- 如果有关单位不履行配合义务，纪检监察机关或公安机关有权依法采取强制措施，如搜查、扣押等，以获取所需证据。
- 在极端情况下，不配合调查的行为还可能被视为妨碍公务或包庇犯罪，从而引发更严重的法律后果。
实践考量：
- 在实际操作中，纪检监察机关和公安机关通常会通过正式的法律文书（如调查令、协助调查通知书等）来要求有关单位配合调查。
- 有关单位在收到这些法律文书后，应当认真对待，及时组织相关人员配合调查，确保调查工作的顺利进行。
建议：
- 对于有关单位而言，应当建立健全内部合规机制，确保在接到纪检监察机关或公安机关的调查取证通知时，能够迅速、有效地配合调查。
- 如果有关单位对调查取证通知有疑问或异议，应当及时与调查机关沟通，寻求法律上的指导和帮助，而不是简单地拒绝配合。
举例说明：
假设某公司涉嫌参与一起经济犯罪案件，公安机关在调查过程中需要查阅该公司的财务账目和交易记录。根据法律规定，该公司有义务配合公安机关的调查，提供所需的文件和资料。如果该公司拒绝配合或提供虚假信息，公安机关有权依法采取强制措施，甚至可能将该公司及其相关责任人员纳入犯罪嫌疑人的范围进行进一步调查。
综上所述，有关单位在纪检监察机关、公安机关调查刑事案件进行调查取证时，确实负有配合义务。这一义务不仅基于法律规定，也是维护社会公平正义、打击犯罪活动的必要要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。