结论：在发包人与承包人仅就欠付工程款约定了违约金的情况下，承包人通常仍然可以要求发包人在承担违约金的同时支付欠付的工程款本金，但具体能否同时主张，还需根据合同的具体约定以及相关法律法规的规定来综合判断。
分析说明：
合同约定优先：
- 如果合同中明确约定了发包人欠付工程款时，除了支付违约金外，还需支付欠付的工程款本金，那么承包人当然有权同时主张这两项权益。
- 如果合同仅约定了违约金的支付，而未明确提及工程款本金的支付问题，那么承包人主张工程款本金支付的权利可能受到一定限制，但并非完全丧失。
法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，违约金的主要功能是补偿因违约造成的损失，并兼具一定的惩罚性。如果违约金不足以弥补承包人因发包人欠付工程款而遭受的实际损失，承包人有权要求发包人支付欠付的工程款本金以弥补损失。
- 同时，如果合同中约定的违约金过高或过低，当事人可以根据实际情况请求法院或仲裁机构予以调整。这进一步体现了法律对违约金支付的灵活性和公平性原则。
实际损失与违约金的关系：
- 承包人应证明其因发包人欠付工程款而遭受的实际损失，包括但不限于工程款本金的利息损失、因资金占用而产生的其他经济损失等。
- 如果承包人能够证明其实际损失超过了合同中约定的违约金数额，那么其有权要求发包人支付欠付的工程款本金以弥补差额。
司法实践中的考量：
- 在司法实践中，法院或仲裁机构会综合考虑合同的具体约定、当事人的实际损失、违约金的性质和功能等因素，来判定承包人是否有权同时主张违约金和工程款本金。
- 如果法院或仲裁机构认为合同中约定的违约金已经足以弥补承包人的实际损失，那么可能会驳回承包人关于支付工程款本金的请求。
法律建议：
- 审查合同条款：承包人应仔细审查与发包人签订的合同条款，特别是关于欠付工程款和违约金的约定部分，以明确自己的权益和义务。
- 收集证据：承包人应收集并整理相关证据，如合同、付款记录、损失计算依据等，以证明自己的主张和实际损失。
- 协商与诉讼：在发生纠纷时，承包人应首先尝试与发包人进行协商解决。如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
可能后果：
- 如果承包人能够成功证明其因发包人欠付工程款而遭受的实际损失超过了合同中约定的违约金数额，那么其有权要求发包人支付欠付的工程款本金以弥补差额。
- 如果法院或仲裁机构认为合同中约定的违约金已经足以弥补承包人的实际损失，那么承包人关于支付工程款本金的请求可能会被驳回。
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