关于员工保密协议应该盖什么章的问题，这主要取决于协议的性质以及公司的规定。一般来说，员工保密协议作为公司内部的重要文件，旨在保护公司的商业秘密、技术秘密等敏感信息不被泄露，因此其盖章应当具有正式性和权威性。

通常建议盖公司公章。公司公章是公司对外行使权力的标志，具有最高的法律效力。在员工保密协议上加盖公司公章，可以确保协议的正式性和有效性，同时也表明公司对保密协议的重视和承诺。

具体步骤和注意事项：

1. 确认协议内容：在盖章之前，应确保保密协议的内容已经经过双方充分协商，并明确无误。协议中应详细列出需要保密的信息范围、保密期限、保密责任以及违约责任等关键条款。

2. 选择合适的印章：根据公司的规定和实际情况，选择加盖公司公章。如果公司有专门的合同章或保密章，且这些印章在公司内部具有相应的法律效力，也可以考虑使用这些印章。但通常情况下，公司公章是最为稳妥的选择。

3. 盖章流程：按照公司的内部流程进行盖章。这通常包括将协议提交给相关部门或负责人进行审核，审核通过后由专人负责加盖印章，并做好盖章记录。

4. 保存和归档：盖章后的保密协议应妥善保存，并按照公司的档案管理规定进行归档。这有助于在需要时快速找到协议，并作为处理保密纠纷的依据。

额外建议：

• 除了盖章外，还可以考虑让员工在保密协议上签字确认，以进一步增强协议的法律效力。
• 定期对员工进行保密培训，提高他们的保密意识和能力，确保他们能够严格遵守保密协议的规定。

综上所述，员工保密协议通常建议盖公司公章，以确保协议的正式性和有效性。在盖章过程中，应遵循公司的内部流程和规定，并妥善保存和归档盖章后的协议。