在知识产权服务保密协议上盖章的问题上，确实需要细致考虑。首先，要明确的是，保密协议上既可以盖公章也可以盖合同章，这两种印章在真实且合法授权使用的情况下，都能使协议具有法律效力。
接下来，我们详细分析一下公章和合同章的法律效力及适用情形：
公章：
- 法律效力：公章是法人权利的象征，具有最高的法律效力。它代表公司的整体意志，能够对各类公司事务和行为进行确认和授权。
- 适用情形：当保密协议涉及公司的重大商业秘密、核心技术秘密，或者与公司整体运营和发展密切相关的敏感信息时，加盖公章能够凸显其重要性和严肃性。比如，公司未来战略规划、新产品研发关键技术等方面的保密协议，就非常适合加盖公章。
合同章：
- 法律效力：合同章专门用于签订各类合同，在合同签订领域具有特定的法律效力。它表明公司与协议相对方就保密事项达成了具体的合同约定。
- 适用情形：对于一般的商业合作、业务往来或员工入职等场景下的保密协议，加盖合同章是更为常见的做法。这些协议通常基于具体的合同关系或雇佣关系产生，比如公司与合作伙伴的合作项目中的保密协议，或与员工劳动合同中的保密条款所对应的保密协议。
在选择使用公章还是合同章时，企业应考虑以下因素：
- 内部管理规定：根据公司内部的印章管理制度和流程来决定使用哪种印章。
- 具体业务情况：根据协议的性质、重要程度以及双方的关系来综合考虑。比如，如果协议涉及公司的核心利益或高度敏感的信息，那么加盖公章可能更为合适。
- 法律效果：从法律效果上来说，公章和合同章并无实质性差异，关键在于印章的真实性和合法性。因此，无论选择哪种印章，都要确保其真实且合法授权使用。
最后，为了确保保密协议的有效性，除了选择合适的印章外，还需要注意以下几点：
- 协议内容合法：保密协议的内容必须符合法律规定，不得违反法律法规的强制性规定。
- 双方意愿真实：协议的签订必须是双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫等违法情形。
- 遵守法律程序：签订协议时应遵循法定的程序和形式要求，如确保签字盖章的真实性、完整性等。
综上所述，知识产权服务保密协议上既可以盖公章也可以盖合同章，选择哪种印章应根据具体情况综合考虑。同时，确保协议内容的合法性、双方意愿的真实性以及遵守法律程序是保障协议有效性的关键。