法务要求保密协议盖带有编码的合同章或公司公章，这一要求在法律上是合理的。以下从多个角度为您详细分析：
一、公章与合同章的法律效力
公章：公章作为法人权利的象征，具有最高法律效力，代表公司整体意志。在保密协议上加盖公章，能够凸显协议的重要性和严肃性，特别适用于涉及公司重大商业秘密、核心技术秘密或与公司整体运营和发展密切相关的敏感信息的保密协议。
合同章：合同章专门用于签订各类合同，在合同签订领域具有特定的法律效力。在保密协议上加盖合同章，表明公司与协议相对方就保密事项达成了具体的合同约定，这是商业实践中常见且被广泛认可的做法。
二、带有编码的印章的意义
带有编码的印章，无论是公章还是合同章，都增加了印章的唯一性和可追溯性。这种编码通常用于公司内部管理，有助于追踪印章的使用情况，防止印章被滥用或盗用。因此，法务要求使用带有编码的印章，实际上是在加强公司对保密协议的管理和控制，这一要求是合理的。
三、选择印章的考虑因素
公司内部管理规定：公司应根据自身的内部管理规定来决定使用哪种印章。如果公司规定保密协议必须加盖公章，那么就应遵守这一规定；反之，如果规定可以使用合同章，那么合同章也是合法的选择。
具体业务情况：保密协议的性质、重要程度以及双方的关系也是选择印章时需要考虑的因素。例如，对于涉及公司核心技术的保密协议，加盖公章可能更为合适；而对于一般的商业合作中的保密协议，加盖合同章则可能更为便捷。
法律效果：从法律效果上来说，公章和合同章在保密协议上的使用并无实质性差异。关键在于印章的真实性和合法性，以及协议内容的合法性和双方意愿的真实性。
四、确保协议有效性的关键要素
无论选择加盖公章还是合同章，确保保密协议的有效性还需注意以下几点：
协议内容合法：保密协议的内容必须符合法律规定，不得违反法律法规的强制性规定。
双方意愿真实：协议的签订必须是双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫等违法情形。
遵守法律程序：签订协议时应遵循法定的程序和形式要求，如确保签字盖章的真实性、完整性等。
五、特殊情况下的处理建议
如果公司内部有特别规定要求保密协议必须加盖特定类型的印章（如公章），或者协议中有特别约定需要使用特定印章的，那么应当按照相关规定或约定来执行。此外，如果在签订保密协议过程中遇到任何疑问或不确定的情况，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供针对性的法律建议。
综上所述，法务要求保密协议盖带有编码的合同章或公司公章是合理的。公司应根据自身情况、具体业务需求以及法律规定来选择合适的印章，并确保协议内容的合法性、双方意愿的真实性以及遵守法律程序，以保障协议的有效性。