结论：公司之间的保密协议既可以盖公章也可以盖合同章，选择哪种印章应依据公司内部管理规定、具体业务情况及协议性质来决定，关键在于确保印章的真实性和合法性。
公章与合同章的法律效力及适用情形
公章：
- 法律效力：公章是法人权利的象征，具有最高的法律效力，代表公司的整体意志。在保密协议上加盖公章，意味着公司对协议内容的全面认可和承诺，具有极强的法律约束力。
- 适用情形：特别适用于涉及公司重大商业秘密、核心技术秘密或与公司整体运营和发展密切相关的敏感信息的保密协议。例如，公司未来战略规划、新产品研发关键技术等方面的保密协议，加盖公章能凸显其重要性和严肃性。
合同章：
- 法律效力：合同章专门用于签订各类合同，在合同签订领域具有特定的法律效力。在保密协议上加盖合同章，表明公司与协议相对方就保密事项达成了具体的合同约定。
- 适用情形：更常见于一般的商业合作、业务往来或员工入职等场景下的保密协议。这些协议通常基于具体的合同关系或雇佣关系产生，如公司与合作伙伴的合作项目中的保密协议，或与员工劳动合同中的保密条款所对应的保密协议，加盖合同章是恰当的做法。
选择印章的考虑因素
在选择使用公章还是合同章时，公司应综合考虑以下因素：
- 内部管理规定：根据公司内部的印章管理制度和流程来决定。不同公司可能有不同的印章使用规定，有的公司可能规定特定类型的协议必须使用公章，而有的公司则可能更加灵活。
- 具体业务情况：根据协议的性质、重要程度以及双方的关系来综合考虑。对于涉及公司核心利益的保密协议，建议使用公章以增强其法律效力；对于一般的商业合作保密协议，使用合同章可能更为合适。
- 法律效果：从法律效果上来说，公章和合同章并无实质性差异，关键在于印章的真实性和合法性。无论选择哪种印章，都必须确保印章是真实有效的，且经过公司合法授权使用。
确保协议有效性的关键要素
无论选择哪种印章，确保保密协议的有效性还需注意以下几点：
- 协议内容合法：保密协议的内容必须符合法律规定，不得违反法律法规的强制性规定。例如，协议中不得包含限制员工合法就业权利的条款。
- 双方意愿真实：协议的签订必须是双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫等违法情形。双方应在充分理解协议内容的基础上签署协议。
- 遵守法律程序：签订协议时应遵循法定的程序和形式要求，如确保签字盖章的真实性、完整性等。协议应由双方授权代表签署，并加盖公司印章。
综上所述，公司之间的保密协议既可以盖公章也可以盖合同章，选择哪种印章应根据具体情况综合考虑。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。