结论：双方当事人就同一项目签订多份合同，是否可以作为一个案子起诉，需根据具体情况判断，主要取决于多份合同之间的关系及纠纷的具体内容。以下从不同角度进行分析：

1. 多份合同相互独立：

   • 情况描述：如果双方就同一项目签订的多份合同在内容上相互独立，每份合同都有其特定的权利义务关系，且纠纷仅涉及其中一份或几份合同，而非全部合同。
   • 法律建议：在此情况下，通常应分别就每份合同提起诉讼，因为每份合同构成独立的法律关系，法院会分别进行审理和判决。

2. 多份合同相互关联，构成一个整体交易：

   • 情况描述：如果多份合同虽然形式上独立，但实际上是为了完成同一个项目或交易而签订的，合同之间存在紧密的关联性和互补性，且纠纷涉及所有或大部分合同。
   • 法律建议：
     • 合并起诉：在此情况下，可以考虑将多份合同作为一个整体交易或项目来起诉，向法院说明多份合同之间的关联性和整体性，以及纠纷的实际情况。法院在审理时，可能会将多份合同视为一个整体来考虑，以便更全面地解决纠纷。
     • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人有权选择起诉的对象和方式。如果多份合同构成一个整体交易，且纠纷涉及所有或大部分合同，那么合并起诉是合理的，也有助于提高诉讼效率，减少当事人的诉讼成本。

3. 合同中存在合并审理的约定：

   • 情况描述：如果双方在合同中明确约定，因合同产生的纠纷可以合并审理，或者约定了类似的仲裁或诉讼条款。
   • 法律建议：在此情况下，应尊重双方的约定，按照合同中的条款进行诉讼或仲裁。如果合同中明确约定了合并审理，那么法院或仲裁机构在审理时，通常会遵循双方的约定。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 证据准备：无论选择分别起诉还是合并起诉，都需要充分准备证据，以证明自己的主张。证据应包括合同文本、履行情况、沟通记录等，以形成完整的证据链。
   • 诉讼策略：在选择起诉方式时，应考虑诉讼策略的因素。例如，如果分别起诉可能更有利于分散风险或针对特定合同进行精细化诉讼，那么可以选择分别起诉；如果合并起诉更有利于全面解决纠纷或提高诉讼效率，那么可以选择合并起诉。
   • 法院或仲裁机构的意见：在实际操作中，还应考虑法院或仲裁机构的意见。如果法院或仲裁机构认为合并审理更有利于查明事实、解决纠纷，那么可能会建议或决定合并审理。

进一步思考：在处理此类纠纷时，除了考虑起诉方式外，还应关注纠纷的实质内容、双方的权利义务关系以及可能的法律后果。如果可能的话，建议双方在诉讼前进行协商或调解，以寻求更和谐、更高效的纠纷解决方式。如果协商或调解无果，再考虑通过诉讼或仲裁等法律途径解决纠纷。

总结：双方当事人就同一项目签订多份合同是否可以作为一个案子起诉，需根据多份合同之间的关系及纠纷的具体内容来判断。在实际操作中，应充分考虑证据准备、诉讼策略以及法院或仲裁机构的意见等因素，以选择最合适的起诉方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。