结论：公司规章制度中罚款金额超过本月工资的做法，在一般情况下是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
一、法律层面分析
罚款权力的来源：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位应当依法建立和完善规章制度，但并未赋予用人单位直接对员工进行罚款的权力。罚款通常被视为一种行政处罚，而根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构行使，公司并不具备此权限。
经济损失赔偿的限制：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成了实际的经济损失，公司可以依据劳动合同要求员工进行经济赔偿。但根据《工资支付暂行规定》第十六条，从员工工资中扣除赔偿时，每月扣除的部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这意味着，即使员工需要赔偿，公司也不能无限制地扣除其工资。
二、公司规章制度的合法性要求
内容合法合理：
- 公司在制定规章制度时，必须确保其内容符合法律法规的要求，不侵犯员工的合法权益。罚款条款应明确、合理，避免滥用罚款权。如果规章制度中的罚款条款违反了法律法规，那么这些条款将是无效的。
程序合规：
- 涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项，应当经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保规章制度程序公正性和透明度的重要步骤。
公示与告知：
- 规章制度制定后，应向全体员工公示或告知，确保员工对其有充分的了解和认知。如果员工不知道规章制度的内容，那么他们就无法遵守这些规定，公司也不能因此对他们进行处罚。
三、公司合法管理员工的建议
采用警告制度：
- 对于轻微违规行为，公司可以给予口头或书面警告，作为提醒和改正的机会。这种方式既体现了公司对员工的管理，又避免了直接的经济处罚。
依法解除劳动合同：
- 对于严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，公司有权依法解除劳动合同。这是公司维护自身权益和正常运营秩序的重要手段。
合理要求经济损失赔偿：
- 在员工因个人原因造成公司经济损失的情况下，公司可以要求其进行合理赔偿。但赔偿金额和方式应符合法律法规的规定，不能超出员工的承受能力。
建立绩效考核与激励体系：
- 通过设立合理的绩效考核体系，对表现优秀的员工给予奖励，对表现不佳的员工进行辅导和改进。这种方式可以激发员工的积极性和创造力，提高公司的整体绩效。
四、具体案例说明
假设某公司规章制度中规定，员工迟到一次罚款500元，而该员工当月工资仅为3000元。如果公司真的按照这一规定对员工进行罚款，那么罚款金额将超过员工当月工资的20%（即600元中的500元虽未直接超过，但若多次迟到则可能累计超过），且如果罚款后员工工资低于当地最低工资标准，这一做法将是违法的。在这种情况下，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结与建议：公司规章制度中罚款金额超过本月工资的做法是不合法的。公司应严格遵守相关法律法规，采取合法且合理的方式来管理员工。如果你在工作中遇到了类似的问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会为你提供专业的解答和建议。