规范性文件与上级规范性文件冲突时，并不一定会自然失效，但通常会被视为无效或不得适用。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律效力层级原则
在法律体系中，不同层级的规范性文件具有不同的法律效力。一般来说，上级规范性文件的法律效力高于下级规范性文件。当两者发生冲突时，根据法律效力层级原则，下级规范性文件应当服从上级规范性文件，即下级规范性文件中与上级规范性文件相冲突的部分通常会被视为无效或不得适用。
二、具体冲突处理机制
审查与认定：
- 当发现规范性文件之间存在冲突时，通常需要通过一定的审查程序来认定冲突的存在及其性质。这可能涉及对文件内容的比对、分析以及法律解释等。
- 审查主体可能是制定机关、上级机关、司法机关或其他有权机关。
处理方式：
- 修改或废止：对于冲突的下级规范性文件，制定机关可能会根据审查结果对其进行修改或废止，以消除冲突。
- 不予适用：在冲突未得到正式解决之前，下级机关或相关主体在适用规范性文件时，通常会选择不予适用与上级规范性文件相冲突的部分。
自然失效的误解：
- 需要注意的是，规范性文件并不会因为与上级文件冲突而“自然失效”。失效通常需要通过正式的程序或决定来宣告，如制定机关的废止决定、上级机关的撤销决定等。
- “自然失效”这一表述可能源于对法律效力层级原则的误解或简化表述。实际上，冲突的下级规范性文件在未被正式废止或撤销前，其形式上的法律效力仍然存在，但在实践中不得适用。
三、实际案例与司法实践
- 在司法实践中，当法院在审理案件时发现适用的规范性文件与上级规范性文件相冲突时，法院通常会依据上级规范性文件进行裁判，并可能通过司法建议等方式提示相关机关对冲突文件进行审查和处理。
- 行政机关在执行公务时，如果发现下级规范性文件与上级规范性文件相冲突，也会选择适用上级规范性文件，并可能启动内部审查程序来处理冲突。
四、建议与注意事项
对于制定机关：
- 在制定规范性文件时，应加强对上级规范性文件的学习和研究，确保新制定的文件与上级文件保持一致。
- 定期对已制定的规范性文件进行清理和修订，及时消除与上级文件的冲突。
对于适用机关和主体：
- 在适用规范性文件时，应加强对文件效力的审查和判断，避免适用与上级文件相冲突的部分。
- 如发现冲突文件，应及时向上级机关或相关有权机关报告，并等待正式的处理决定。
对于公众：
- 在了解和应用规范性文件时，也应注意其法律效力层级和可能存在的冲突问题。
- 如对文件的适用有疑问或发现冲突，可以向相关机关咨询或寻求法律帮助。
总结来说，规范性文件与上级规范性文件冲突时，并不会自然失效，但通常会被视为无效或不得适用。对于冲突的处理，应遵循法律效力层级原则，通过正式的程序或决定来宣告失效或进行修改、废止。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。