一个公司未经法定程序擅自刻制两个具有同等效力的公章是违法的，可能面临法律责任追究，并扰乱公司管理秩序和经济秩序。以下是对此问题的详细分析：
一、公章的法律地位与重要性
公章是公司对外行使权力、进行民事活动的重要代表标识，具有唯一性和法定性。其使用和管理受到我国法律的严格监管，是公司确认文件、合同等法律文书真实性和有效性的关键凭证。
二、相关法律法规依据
《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条：
- 伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的，将面临处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。
公章刻制与备案规定：
- 公司公章需根据公司法到公安局指定的定点刻字社制作，并确保每个公司的公章都是独一无二的，且需向公安机关备案。未经备案或擅自刻制多个公章均属违法行为。
三、擅自刻制两枚公章的后果
法律责任追究：
- 公司若未经法定程序和相关部门许可擅自多刻公章，属于伪造、变造企业印章的行为，将扰乱公司管理秩序和经济秩序。一旦因此引发纠纷，该公章所产生的行为效力可能不被认可，公司还可能因此面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
内部管理混乱：
- 多个公章的存在易导致管理失控，可能出现公章被盗用、滥用等情况，给公司带来经济损失和法律纠纷。同时，也可能引发交易对手方对公司信用和履约能力的质疑，损害公司商誉。
四、特殊情况下的专用章
在特殊情况下，如业务拓展、不同分支机构或特定业务场景需要，公司可以经过合法审批、备案等程序刻制特定用途的专用章（如财务章、合同章等）。但这些专用章有严格的界定和区分，并不等同于拥有两个具有同等效力、随意使用的公章。且所有印章均需依法备案，用途明确区别于公章，并建立完善的印章管理制度以确保合规性和安全性。
五、合规建议
严格遵守法律法规：
- 公司应确保公章的合法性和唯一性，遵守相关刻制和使用规定，避免擅自刻制多个公章。
加强内部管理：
- 建立健全公章管理制度，明确公章的刻制、使用、保管流程，防止公章被盗用、滥用等情况发生。
及时报告与处理：
- 一旦发现存在两枚公章的情况，应立即向相关部门报告，并配合调查处理，以避免法律风险。
风险防控培训：
- 定期对员工进行法律风险防控培训，提高员工的法律意识和合规意识，确保公司运营的合规性。
如有任何关于公章的疑问或需求，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。