针对您提出的“非法占用他人土地建房的怎么处理”这一问题，我将从法律责任、行政责任、刑事责任以及处理流程等多个方面为您详细解答。

一、法律责任与民事赔偿

1. 停止侵害与恢复原状：

   • 非法占用他人土地建房的行为人应立即停止侵害行为，避免进一步扩大损失。
   • 在可能的情况下，行为人应恢复被占用土地的原状，如拆除违法建筑、重新耕种或修复土地等。

2. 赔偿损失：

   • 行为人需赔偿因非法占用土地给权利人造成的经济损失，这包括但不限于农作物损失、土地租金损失以及因土地被占用而导致的其他直接和间接损失。
   • 赔偿金额应根据实际损失情况确定，双方可以通过协商、调解或诉讼等方式解决赔偿问题。

二、行政责任

1. 行政处罚：

   • 根据《土地管理法》等相关法律法规，县级以上人民政府自然资源主管部门有权对非法占用土地建房的行为进行行政处罚。
   • 处罚措施包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及并处罚款等。罚款额通常为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。

2. 行政强制措施：

   • 在必要时，行政机关可以采取查封、扣押等行政强制措施，以防止非法占用行为的继续扩大和损失的进一步加重。

三、刑事责任

1. 非法占用农用地罪：

   • 如果非法占用的土地是耕地、林地等农用地，且改变土地用途数量较大，造成农用地大量毁坏的，行为人可能触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪。
   • 根据该条款，行为人可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。

2. 刑事追诉程序：

   • 刑事案件一般由公安机关立案侦查，检察机关提起公诉，法院进行审判。
   • 被害人也可以直接向人民法院提起自诉，但需注意自诉案件的范围和条件，确保符合法律规定的自诉要求。

四、处理流程

1. 立案：

   • 政府自然资源主管部门或乡、镇人民政府在发现或接到举报非法占用土地建房的行为后，会决定是否立案查处。

2. 调查取证：

   • 通过询问、现场勘测等方式收集证据，确定违法行为的性质、情节和后果，为后续的处罚决定提供依据。

3. 作出处罚决定：

   • 依据相关法律法规，行政机关会作出行政处罚决定，并送达当事人。处罚决定会载明处罚事实、理由、依据以及当事人的权利。

4. 执行处罚决定：

   • 当事人在规定期限内应履行处罚决定。如果拒不履行，行政机关可以采取加处罚款、申请法院强制执行等措施来确保处罚决定的执行。

五、特殊情况与建议

1. 超占宅基地处理：

   • 对于超占宅基地的情况，可以结合历史成因、面积和规划要求灵活处理。例如，可以协商缴纳有偿使用费、限期拆除或恢复原状等。

2. 历史遗留问题处理：

   • 对于历史遗留的非法占用土地建房问题，可以通过与村集体协商、缴纳费用、置换土地或在登记簿中注明等方式来解决。

3. 建议：

   • 在建房前，务必办理相关用地批准和规划许可手续，确保合法合规。
   • 如果发现非法占用土地建房的行为，应及时向相关部门举报，维护土地资源的合法利用。

综上所述，非法占用他人土地建房的行为将受到严厉的法律制裁和行政处罚。为了避免不必要的法律风险和经济损失，建议您在建房前务必了解并遵守相关法律法规和政策要求。