安全生产违约金在分包中能否扣除，需视具体情况而定，但通常在符合合同约定和法律规定的前提下是可以扣除的。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 合同明确约定：如果分包合同中明确约定了安全生产违约金的条款，包括违约金的数额、计算方式、支付条件等，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么在分包方违反安全生产规定时，总包方有权按照合同约定扣除安全生产违约金。

2. 合同未明确约定：如果分包合同中没有明确约定安全生产违约金的条款，那么总包方在分包方违反安全生产规定时，可能无法直接扣除违约金。但总包方可以依据合同中的其他相关条款（如违约责任条款）或法律规定，要求分包方承担相应的违约责任或赔偿责任。

二、法律规定角度

1. 《中华人民共和国民法典》相关规定：根据《民法典》中关于合同违约责任的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。如果分包方违反安全生产规定，导致总包方遭受损失的，总包方有权要求分包方赔偿损失。在合同有约定违约金的情况下，该赔偿损失的责任可以转化为支付违约金的责任。

2. 安全生产相关法律法规：安全生产相关法律法规对安全生产责任有明确规定，分包方作为安全生产责任主体之一，应当遵守相关法律法规和安全生产规章制度。如果分包方违反安全生产规定，不仅可能面临行政处罚，还可能承担民事赔偿责任。在分包合同中约定安全生产违约金，可以视为对分包方违反安全生产规定的一种民事制裁措施。

三、实际操作角度

1. 证据收集与保存：总包方在扣除安全生产违约金前，应当收集并保存分包方违反安全生产规定的证据，如现场照片、视频、安全检查报告等。这些证据将作为总包方要求分包方支付违约金的依据。

2. 通知与协商：在扣除安全生产违约金前，总包方应当通知分包方并说明扣除的原因和依据。双方可以进行协商，尝试通过友好方式解决争议。如果协商不成，总包方可以依据合同约定或法律规定采取进一步措施。

3. 合法合规操作：总包方在扣除安全生产违约金时，应当确保操作合法合规，避免侵犯分包方的合法权益。例如，不得擅自扣除分包方的工程款或其他费用作为违约金，而应当按照合同约定的方式和程序进行扣除。

建议：为了避免争议和纠纷，建议在分包合同中明确约定安全生产违约金的条款，包括违约金的数额、计算方式、支付条件等。同时，双方应当加强安全生产管理，共同遵守相关法律法规和安全生产规章制度，确保工程安全顺利进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。