政府确实会对个人门诊的违法行为进行处罚。
首先，我们要明确的是，无论是个人门诊还是其他医疗机构，在执业过程中都必须严格遵守国家相关的法律法规和规章制度。一旦发现有违法行为，政府相关部门，如卫生健康局等，是有权进行处罚的。
从您提供的参考信息中，我们可以看到两个具体的案例：
在公主岭市的案例中，被处罚人周齐因给患者进行不必要的治疗，违反了《中华人民共和国医师法》的相关规定，被公主岭市卫生健康局责令整改，并给予了警告、没收违法所得以及罚款的行政处罚。
在大田县的案例中，大田某某中医（综合）诊所的医师温某某将消毒产品开具在处方中，违反了《医疗纠纷预防和处理条例》的相关规定，被大田县卫生健康局依法作出了警告并罚款的行政处罚。
这两个案例都明确表明了政府对于个人门诊违法行为的零容忍态度，并且会根据违法行为的性质和严重程度，依法给予相应的处罚。这些处罚可能包括警告、罚款、没收违法所得、责令暂停执业活动甚至吊销医师执业证书等。
因此，作为个人门诊的从业者，必须时刻牢记依法执业的重要性，严格遵守国家相关的法律法规和规章制度，确保为患者提供安全、有效、合法的医疗服务。同时，患者也应该增强自我保护意识，选择合法、正规的医疗机构进行就诊。