结论：房屋被执行法院冻结后，被执行人与申请人签订的房屋买卖合同是否有效，需根据具体情况判断，一般情况下合同本身有效，但可能因无法履行导致合同目的无法实现。以下从不同角度详细分析：

1. 合同效力层面

根据《民法典》相关规定，合同效力主要取决于双方意思表示是否真实、是否违反法律强制性规定或公序良俗。房屋被法院冻结（查封）本身并不直接导致买卖合同无效，因为：

• 冻结是执行措施，非合同无效事由：法院冻结房屋的目的是保障后续执行，而非否定房屋交易本身的合法性。只要双方签订合同时意思表示真实（如无欺诈、胁迫等情形），且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定（如未规避执行、偷逃税费等），合同原则上有效。
• 例外情形：若被执行人明知房屋已被冻结仍恶意转让以逃避执行，或合同内容涉及非法目的（如虚构交易转移财产），则合同可能因违反《民法典》第153条（违反法律强制性规定）或第154条（恶意串通损害他人权益）被认定无效。

2. 合同履行层面

即使合同有效，被冻结房屋的买卖可能因执行程序受阻，导致合同目的无法实现：

• 执行优先原则：根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第24条，被执行人未经法院许可擅自处分查封财产的，法院可不予认可，买受人无法取得房屋所有权。此时，买受人可依据《民法典》第563条（合同目的无法实现）要求解除合同，并主张违约责任（如返还购房款、赔偿损失等）。
• 例外情形：若买受人同意代被执行人清偿债务以解除冻结（需经法院和债权人同意），或执行程序终结后房屋解封，则合同可继续履行。

3. 买受人权利保护建议

• 签约前核查房屋状态：通过不动产登记中心查询房屋是否被查封、抵押，避免签订无法履行的合同。
• 约定违约责任：在合同中明确若因房屋被冻结导致无法过户的，卖方需承担的违约责任（如双倍返还定金、支付违约金等）。
• 及时主张权利：若发现房屋被冻结，买受人应立即向法院提出执行异议（依据《民事诉讼法》第234条），主张对房屋的合法权益，或直接起诉要求解除合同并赔偿损失。

4. 特殊情形：以物抵债协议

若被执行人与申请人（债权人）签订“以房抵债”协议，需注意：

• 协议效力：以物抵债协议本质是债务清偿方式，若双方意思表示真实且不违反法律，协议有效。但房屋仍需通过法院执行程序过户，否则无法对抗其他债权人。
• 执行风险：若房屋价值不足以清偿债务，或存在其他优先受偿权（如抵押权），以物抵债协议可能无法完全履行。

总结：房屋被冻结后签订的买卖合同本身可能有效，但履行可能受阻。建议您在交易前充分核查房屋状态，并在合同中明确违约责任，以降低风险。若已遇到此类问题，可进一步向我咨询具体解决方案。