工人工地违章三次清退是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
劳动合同或规章制度中的约定：
- 如果用人单位与工人在劳动合同中明确约定了“违章三次即清退”的条款，或者用人单位的规章制度中有类似规定，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么从合同自由的角度来看，这种约定或规定可能是有效的。但需要注意的是，规章制度必须经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，否则可能因程序瑕疵而无效。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但这里的“严重违反”需要达到一定的程度，且规章制度必须合法有效。
违章行为的性质和后果：
- 即使劳动合同或规章制度中有“违章三次即清退”的约定，也需要考虑违章行为的性质和后果。如果违章行为并未造成严重后果，或者属于轻微违章，那么直接清退可能显得过于严厉，不符合比例原则。
- 法律原则：在劳动法律关系中，用人单位在行使管理权时应当遵循合理、公正、比例等原则，不得滥用权利损害劳动者的合法权益。
解除劳动合同的合法程序：
- 即使工人确实存在严重违章行为，用人单位在解除劳动合同时也需要遵循合法的程序。这通常包括通知工会、听取工人意见、出具解除劳动合同证明等步骤。如果用人单位未遵循这些程序，那么解除劳动合同的行为可能被视为违法。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四十三条，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。用人单位违反法律、行政法规规定或者劳动合同约定的，工会有权要求用人单位纠正。用人单位应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。
特殊情况下的保护：
- 对于某些特殊群体，如孕期、产期、哺乳期的女职工，或者患有职业病或因工负伤并被确认丧失或部分丧失劳动能力的职工，用人单位在解除劳动合同时需要受到更加严格的限制。如果工人属于这些特殊群体，那么“违章三次即清退”的规定可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
建议：
- 对于工人而言，如果面临被清退的情况，应当首先审查劳动合同和用人单位的规章制度，了解自己的权利和义务。如果认为用人单位的行为违法或不合理，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于用人单位而言，在制定规章制度和解除劳动合同时应当谨慎行事，确保自己的行为符合法律法规的规定和劳动合同的约定。同时，也应当注重与工人的沟通和协商，以构建和谐稳定的劳动关系。
总结：工人工地违章三次清退是否合法，取决于劳动合同或规章制度的约定、违章行为的性质和后果、解除劳动合同的合法程序以及特殊情况下的保护等多个因素。如果对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。