结论：公司没有物权，即使和村里签了协议权属归企业，也不能直接当然地主张厂房租金归公司所有。具体能否主张租金，需结合协议内容、实际履行情况及相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
协议内容与物权变动
- 协议效力：公司与村里签订的协议，若内容合法、双方意思表示真实且不违反法律强制性规定，则协议有效。但协议有效并不等同于物权变动。根据《民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。厂房作为不动产，其物权变动需依法登记。
- 物权归属：若协议中明确约定厂房权属归企业，但未办理物权变更登记，则从法律层面讲，厂房的物权可能仍归属于村里或原所有权人。此时，公司虽基于协议享有某种权益，但并非物权人。
租金主张的法律依据
- 租赁合同关系：若公司实际占有、使用厂房，并与承租人签订了租赁合同，则公司有权基于租赁合同关系向承租人主张租金。但这一权利来源于租赁合同，而非物权。
- 无权处分与善意取得：若公司未取得物权而擅自出租厂房，可能构成无权处分。但若承租人善意、有偿且已实际占有使用厂房，可能构成善意取得，此时公司虽无权处分，但承租人仍需支付租金（不过，这一租金可能最终需支付给真正的物权人，公司可能需承担返还或赔偿等责任）。
- 协议中的租金分配条款：若协议中明确约定了租金归公司所有，且该约定不违反法律强制性规定，则公司有权依据协议主张租金。但这一权利来源于协议，而非物权本身。
实际履行情况的影响
- 实际占有与使用：若公司实际占有、使用厂房，并对外出租，则其主张租金具有事实依据。但若公司未实际占有、使用厂房，或厂房由村里或其他方实际控制，则公司主张租金可能缺乏事实支撑。
- 租金支付情况：若承租人已将租金支付给公司，且村里或其他方未提出异议，则公司实际已取得租金。但若村里或其他方主张租金应归其所有，并引发争议，则公司需证明其有权收取租金。
法律建议
- 完善物权登记：若公司希望确保对厂房的物权，应尽快办理物权变更登记手续，将厂房权属变更至公司名下。
- 审查协议内容：仔细审查与村里签订的协议，确保协议内容合法、有效且明确约定了租金归属等关键条款。
- 保留证据：保留与厂房占有、使用、出租及租金收取相关的所有证据，以备不时之需。
- 咨询专业律师：在涉及复杂法律问题时，建议咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律建议。
总结：公司能否主张厂房租金归其所有，需结合协议内容、实际履行情况及相关法律规定综合判断。在缺乏物权的情况下，公司应谨慎处理与厂房相关的法律事务，并咨询专业律师以规避潜在风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。