关于公司结业时补充协议是否还有效的问题，这主要取决于补充协议的具体内容、签订背景以及公司结业的具体情况。以下是从不同角度进行的分析：
补充协议内容与主合同的关系：
- 如果补充协议是对主合同（如公司运营合同、合作协议等）的补充或修改，且主合同在公司结业前仍然有效，那么补充协议通常也会继续有效，除非补充协议本身有特别约定或主合同因结业而终止导致补充协议失去存在基础。
- 例如，若补充协议是关于公司某项业务的长期合作细节，而主合同因公司结业而终止，但补充协议中明确约定了即使主合同终止，某些条款（如保密条款、违约责任条款）仍继续有效，则这些条款在公司结业后仍然具有约束力。
公司结业的具体情况：
- 公司结业可能涉及清算、注销等程序。在清算过程中，公司的财产和债务会被处理，包括合同的履行和终止。如果补充协议涉及公司财产或债务的处理，其效力可能会受到清算程序的影响。
- 如果公司结业后进行了注销登记，那么公司作为法律主体的资格将消灭，其签订的合同（包括补充协议）原则上将不再具有法律效力，除非合同中有特别约定或法律另有规定（如涉及第三方权益的合同）。
补充协议中的特别约定：
- 补充协议中可能包含关于公司结业时协议效力的特别约定。如果补充协议明确规定了在公司结业时某些条款仍然有效或无效，或者规定了协议终止的条件和方式，那么这些约定将具有优先效力。
法律原则和规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同的效力受法律保护，但合同双方也可以协商一致变更或解除合同。在公司结业的情况下，如果补充协议的双方（如公司和合作伙伴）能够就协议的效力达成一致意见，那么可以按照双方的意思表示来处理。
- 同时，如果补充协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，那么该协议可能被认定为无效。
法律建议：
- 在公司结业前，建议对补充协议进行全面审查，了解协议的具体内容和可能存在的风险。
- 如果补充协议涉及重要权益或义务，建议与公司结业的相关方（如清算组、债权人等）进行沟通协商，明确协议的效力及后续处理方式。
- 如有必要，可以寻求专业律师的帮助，对补充协议进行法律评估和风险防控。
可能的后果：
- 如果补充协议在公司结业后仍然有效，但公司无法履行协议义务，可能会面临违约责任和法律纠纷。
- 如果补充协议被认定为无效或终止，可能会影响相关方的权益和利益分配。
综上所述，公司结业时补充协议的效力取决于多种因素，包括补充协议的内容、公司结业的具体情况、补充协议中的特别约定以及法律原则和规定等。因此，在处理此类问题时，需要综合考虑各种因素并谨慎处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。