结论前置：

1. 职务侵占5000元不能立案为刑事案件，因为职务侵占罪的立案标准为数额在三万元以上。
2. 量刑起点根据侵占数额的大小分为三档，分别是数额较大（三万元以上）、数额巨大（一百万元以上）和数额特别巨大（如千万以上等），对应的刑期和罚金也有所不同。
3. 办案流程包括报案、立案、侦查、审查起诉、审判等阶段。

详细分析：

一、立案标准

根据《最高人民检察院 公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第七十六条，以及《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪的立案标准为数额在三万元以上。这里的“数额”指的是侵占财物的实际价值，通常以犯罪时的市场价值为准进行计算。因此，职务侵占5000元，由于未达到三万元的立案标准，不能立案为刑事案件。

二、量刑标准

《中华人民共和国刑法》第二百七十一条对职务侵占罪的量刑做出了详细规定，具体分为三个档次：

1. 数额较大：

   • 起点：三万元。
   • 量刑：处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。

2. 数额巨大：

   • 起点：一百万元。
   • 量刑：处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

3. 数额特别巨大：

   • 起点：在司法实践中，这通常指的是侵占数额极高的情形，如千万以上等。
   • 量刑：处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。

三、办案流程

职务侵占罪的办案流程通常包括以下几个阶段：

1. 报案：

   • 被侵占单位或个人向公安机关报案，提供相关证据和线索。

2. 立案：

   • 公安机关对报案材料进行审查，认为符合立案条件的，予以立案。

3. 侦查：

   • 公安机关立案后，进行侦查活动，收集证据，查明犯罪事实。

4. 审查起诉：

   • 侦查终结后，公安机关将案件移送人民检察院审查起诉。

5. 审判：

   • 人民检察院向人民法院提起公诉，人民法院依法进行审判，作出判决。

四、其他注意事项

• 民事途径：虽然职务侵占5000元不构成刑事犯罪，但单位仍可通过民事途径来维护权益，如要求行为人返还侵占的财物，并赔偿因侵占行为造成的其他损失。
• 内部纪律处分：对于不构成犯罪的轻微职务侵占行为，单位还可以依据内部规章制度对行为人进行纪律处分，如警告、罚款、降职、解雇等。
• 法律意识：企业和个人都应提高法律意识，加强内部管理，防范职务侵占等犯罪行为的发生。

总结与建议：

职务侵占罪是一项严重的经济犯罪行为，其立案和量刑标准均有着明确的法律规定。对于职务侵占5000元的情况，由于未达到立案标准，不能作为刑事案件立案处理。但单位仍应高度重视此类行为，及时采取措施予以防范和纠正，如通过民事途径维护权益或依据内部规章制度进行纪律处分。同时，建议加强内部管理，建立健全的财务制度和监督机制，确保员工无法轻易侵占单位财物。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。