在菜鸟裹裹上门取件，由申通快递运输货物的情况下，若发生纠纷需要诉讼，被告的确定需根据具体情况来分析。以下是从不同角度为你提供的详细解答：

1. 若货物在运输过程中丢失、损坏，且能明确是申通快递的责任：

   • 在这种情况下，你应当直接起诉申通快递。因为申通快递作为承运人，有义务将货物安全、准时地运送到指定地点。若因申通快递的过失导致货物丢失或损坏，申通快递应承担相应的赔偿责任。
   • 你可以依据《中华人民共和国民法典》中关于运输合同的相关规定，以及《快递市场管理办法》等法规，向法院提起诉讼，要求申通快递赔偿你的损失。

2. 若货物在运输过程中出现问题，但无法确定是申通快递的责任，或者涉及菜鸟裹裹的服务问题：

   • 在这种情况下，诉讼对象可能变得复杂。如果菜鸟裹裹在取件、包装、信息传递等环节存在过错，且这些过错与货物损失有因果关系，那么菜鸟裹裹也可能需要承担一定的责任。
   • 你需要收集相关证据，如取件记录、包装情况、运输过程中的跟踪信息等，以证明菜鸟裹裹或申通快递在运输过程中的过错。然后，你可以根据证据情况，选择起诉菜鸟裹裹、申通快递，或者两者共同起诉。

3. 关于诉讼前的准备：

   • 在提起诉讼前，我建议你先尝试与菜鸟裹裹和申通快递进行协商，看是否能够达成和解。这不仅可以节省诉讼成本和时间，还能避免不必要的法律纠纷。
   • 如果协商无果，你需要准备充分的证据来支持你的诉讼请求。这包括但不限于货物价值证明、运输合同、取件记录、损坏或丢失的证据等。
   • 你还需要了解诉讼流程和相关法律规定，以确保你的诉讼请求能够得到法院的支持。

在诉讼过程中，你需要注意以下几点：

• 确保你的诉讼请求明确、具体，且符合法律规定。
• 提供充分的证据来支持你的诉讼请求，包括书面证据、证人证言等。
• 遵守诉讼程序和相关法律规定，如按时提交诉讼材料、参加庭审等。

最后，我建议你：在遇到此类纠纷时，及时咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询，我专注于刑事辩护和交通事故领域，但也能为你提供运输纠纷方面的法律建议），以便更好地维护你的合法权益。律师可以根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。