结论：公司因员工迟到扣款是否合理，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度是否合法、合理，以及扣款是否符合法律规定。

1. 若公司规章制度合法且合理，且扣款符合法律规定，则扣款合理
   根据《劳动合同法》第四条，公司有权依法制定规章制度，只要该制度经过民主程序（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商）并公示或告知员工，且内容不违反法律强制性规定（如扣款后工资不得低于当地最低工资标准），则具有法律效力。
   例如，若公司规定“每月迟到累计超过3次，每次扣款不超过日工资的20%”，且该制度已公示，则扣款行为合法。

2. 若公司规章制度违法或不合理，或扣款超出法定限度，则扣款不合理

   • 违法情形：若公司规章制度未经过民主程序、未公示，或扣款后员工工资低于当地最低工资标准，则该制度无效，扣款行为违法。
     
   • 不合理情形：若公司扣款比例过高（如每次迟到扣款超过日工资的20%），或未区分迟到时长（如迟到1分钟与迟到1小时扣款相同），则可能被认定为不合理。
     
   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因给公司造成经济损失的，公司可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后不得低于最低工资标准。迟到虽可能影响公司运营，但通常不直接等同于“经济损失”，因此公司不得随意扩大扣款范围。

3. 特殊情形：公司不得以扣款代替管理
   公司应通过合理的管理措施（如提醒、警告、绩效扣分等）督促员工遵守考勤制度，而非直接以扣款作为主要手段。若公司仅以扣款威胁员工，而未提供改进机会或合理理由，则可能涉嫌滥用管理权。

建议：

• 若您认为公司扣款不合理，可先查阅公司规章制度，确认其是否经过民主程序、是否公示，以及扣款比例是否合法。
  
• 若公司制度违法或扣款超出法定限度，您可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁维护权益。
  
• 若您对具体情形不确定，可进一步向我咨询，我会结合您的实际情况详细分析。