结论：交通事故发生两个月后再去医院检查，对方不承认的情况下，您仍然可以通过合法途径维护自己的权益。以下是从不同角度为您详细分析的情况及建议：
一、法律背景与责任认定
在交通事故中，责任认定是关键。即使事故发生两个月后您才去医院检查，只要您能提供充分的证据证明此次检查与事故有直接关联，且对方确实存在过错（如违反交通规则、未尽到安全注意义务等），您仍然有权要求对方承担相应的赔偿责任。
二、证据收集与保存
- 医疗记录：确保您保存好所有与事故相关的医疗记录，包括诊断书、病历、检查报告、医疗费用发票等。这些记录是证明您受伤情况及治疗费用的重要证据。
- 事故现场证据：如果可能，收集事故现场的照片、视频或目击者证言，以证明事故发生的经过及对方的过错。
- 沟通记录：保存与对方或保险公司的沟通记录，包括电话录音、短信、邮件等，以证明您曾就事故赔偿问题与对方进行过协商。
三、法律途径与建议
协商调解：
- 在收集到充分证据后，您可以尝试与对方进行协商调解，要求对方承认事故责任并承担相应的赔偿责任。
- 如果对方愿意协商，您可以就赔偿金额、支付方式等细节进行协商，并签订书面协议以确保双方权益。
保险理赔：
- 如果对方车辆购买了交强险或商业险，您可以向保险公司提出理赔申请。
- 在申请理赔时，您需要提供上述收集到的证据材料，以证明您的受伤情况及治疗费用。
- 保险公司会根据事故责任认定及保险条款进行赔付。
法律诉讼：
- 如果协商调解无果，或者对方拒绝承认事故责任，您可以考虑向法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明对方存在过错且您的受伤与事故有直接关联。
- 法院会根据事实及法律规定进行判决，要求对方承担相应的赔偿责任。
四、注意事项
- 及时行动：虽然事故发生两个月后您仍然可以维护自己的权益，但建议尽快采取行动，以免证据灭失或对方转移财产。
- 专业咨询：在处理此类事务时，建议您咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。作为专业律师，我可以为您提供详细的法律咨询及代理服务。
- 保持冷静：在处理事故赔偿问题时，保持冷静和理性至关重要。避免与对方发生冲突或采取过激行为，以免影响您的权益维护。
最后，交通事故赔偿问题涉及法律条款及程序较多，建议您在处理过程中保持谨慎并寻求专业帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。