案件免于起诉是由人民检察院决定的。这一决定过程涉及多个方面，以下从不同角度为您详细分析：

1. 决定权的归属：

   • 在我国刑事诉讼体系中，人民检察院是法律监督机关，负责审查公安机关移送的案件，并根据案件的具体情况和相关法律规定，决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉或作出不起诉决定。因此，案件免于起诉的决定权在于人民检察院。

2. 不起诉的种类：

   • 法定不起诉：当犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的特定情形时，如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的等，人民检察院必须作出不起诉决定。
   • 酌定不起诉：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的，人民检察院有权根据案件的具体情况，综合考虑各种因素后，作出不起诉的决定。这是检察院行使自由裁量权的一种体现。
   • 证据不足不起诉：在公安机关已经进行了二次补充侦查的案件中，如果人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，那么它必须作出不起诉的决定。

3. 不起诉决定的后续流程与权利保障：

   • 如果公安机关等侦查机关对检察院的不起诉决定持有异议，它们可以要求复议，以进一步讨论和确定案件的走向。
   • 被害人如果不服不起诉决定，也有权向上一级人民检察院提出申诉，或者直接向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
   • 同时，被不起诉人如果对酌定不起诉决定不服，也可以向人民检察院提出申诉，寻求进一步的法律救济。

举例说明： 假设某案件中，犯罪嫌疑人因情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪，根据《刑事诉讼法》第十六条的规定，人民检察院应当作出不起诉决定。这一决定将直接导致案件在检察环节终结，不会进入法院审判阶段。

法律建议：

• 如果您或您身边的人遇到类似情况，建议及时咨询专业律师，了解具体案件的法律适用和可能的法律后果。
• 作为犯罪嫌疑人或被害人，您有权了解不起诉决定的具体理由和依据，并可以根据法律规定提出申诉或复议。

综上所述，案件免于起诉是由人民检察院根据案件的具体情况和相关法律规定来决定的。这一制度旨在确保法律的公正、公平和合理应用，同时保护犯罪嫌疑人和被害人的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。