针对您提出的“信用卡逾期了，如果卡里一进钱就被秒扣，这笔钱还能申请退回来吗，以及具体要怎么操作”的问题，以下是我的详细解答：
一、能否申请退回被秒扣的款项
这主要取决于扣款的具体原因、您与金融机构之间的合同约定，以及相关的法律规定。
可以退回的情况：
- 扣款错误：如果金融机构的系统出现故障或操作失误，导致误扣了您的款项（比如将他人的还款错误扣除到了您的账户，或者重复扣除了您的还款金额），您完全有权要求退款。此时，您应及时联系金融机构，提供相关证据（如交易记录、银行流水等）来证明扣款错误，金融机构在核实后通常会退还误扣的款项。
- 未达成有效扣款协议：如果金融机构在未经您明确授权或未与您达成有效扣款协议的情况下进行了扣款（比如您未签署自动扣款授权书，或者授权书内容存在重大瑕疵），您可以主张扣款行为不合法，并要求退款。在这种情况下，您应向金融机构提出异议，要求其退还已扣款项，并保留好相关法律证据，以备后续可能的诉讼或投诉。
- 存在不合理收费：金融机构收取的逾期费用等应当合理、透明，且不能超过法定的利率上限。如果其收取的费用过高，超出了法律保护的范围，您有权要求退还超出部分。此时，您可以先与金融机构协商退款事宜，如果协商不成，可以通过向金融监管部门投诉或向法院起诉的方式来维护自己的权益。
难以退回的情况：
- 已签订合法有效的自动扣款协议：如果您已与金融机构签订了合法有效的自动扣款协议，并明确约定在逾期情况下金融机构有权从您的指定账户中扣款，那么金融机构按照协议进行的扣款行为通常是合法有效的，您难以要求退款。因此，在签订此类协议前，您应仔细阅读条款，确保了解并同意其中的扣款约定。
- 符合法律规定和合同约定的扣款：只要金融机构的扣款行为符合相关法律法规的规定以及合同的约定（比如扣款金额、方式、时间等都在合同明确约定的范围内，且逾期费用等收费标准也未违反法律规定），那么其扣款行为就是正当的，您很难要求退款。因此，在履行合同过程中，您应遵守合同约定，避免逾期等违约行为的发生。
二、具体操作建议
了解扣款原因和依据：首先，您需要了解金融机构扣款的具体原因和依据，比如是因为逾期、扣款错误还是其他原因。这有助于您判断扣款行为是否合法合规。
对照合同约定和法律规定进行分析：在了解扣款原因和依据后，您应对照自己与金融机构签订的合同以及相关法律法规进行分析，判断扣款行为是否存在问题。
及时咨询专业律师：如果您认为扣款行为存在问题，或者不确定自己是否有权要求退款，建议及时咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况提供专业的法律意见和维权建议。
与金融机构协商或投诉：根据律师的建议，您可以与金融机构进行协商，要求其退还误扣或不合法的款项。如果协商不成，您可以向金融监管部门投诉或向法院起诉来维护自己的权益。
总之，逾期被秒扣款后能否退回需根据具体情况判断。建议您在遇到此类问题时保持冷静，及时了解扣款原因和依据，并对照合同约定和法律规定进行分析。如有需要，及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。