结论前置：逾期工资被信用卡秒扣后是否退还，需分情况讨论，具体如下：

1. 若信用卡发卡行与工资代发银行为同一机构，且存在合法有效的自动扣款授权
   根据《商业银行信用卡业务监督管理办法》及《民法典》合同编相关规定，若持卡人曾与银行签订自动还款协议（如绑定工资卡自动还款），且该协议未违反法律强制性规定，则银行有权在还款日从约定账户中划扣资金用于偿还信用卡欠款。此种情况下，扣款行为合法，资金不会退还。但需注意：

   • 扣款金额不得超过信用卡当期应还款额（含最低还款额）；
     
   • 若扣款导致持卡人基本生活费用不足（如工资扣除后剩余金额低于当地最低生活保障标准），持卡人可依据《商业银行信用卡业务监督管理办法》第70条，与银行协商调整还款计划或申请部分退还。

2. 若信用卡发卡行与工资代发银行非同一机构，或未签订自动扣款授权
   根据《民法典》第1165条（侵权责任）及《商业银行法》第29条（存款自愿原则），银行未经持卡人明确授权，擅自通过跨行扣划或内部系统划转工资卡资金的行为，涉嫌侵犯持卡人财产权，扣款行为违法，资金应当退还。持卡人可采取以下措施：

   • 立即联系银行：要求银行提供扣款依据（如授权协议），若无法提供则要求退还资金；
     
   • 向监管部门投诉：向当地银保监会或人民银行分支机构举报银行违规操作；
     
   • 提起民事诉讼：若银行拒绝退还，可向法院起诉要求返还资金并赔偿损失（如利息损失）。

3. 若扣款行为涉及信用卡诈骗等刑事犯罪
   若持卡人因信用卡被盗刷、冒用或银行内部人员违规操作导致工资被扣，扣款行为可能构成信用卡诈骗罪或职务侵占罪。持卡人应：

   • 立即报警：向公安机关报案并提交扣款记录、工资流水等证据；
     
   • 联系银行冻结账户：防止资金进一步流失；
     
   • 要求银行承担赔偿责任：根据《商业银行法》第73条，银行因过错导致客户损失的，应承担赔偿责任。

建议行动步骤：

1. 核对信用卡账单及工资流水，确认扣款金额、时间及扣款方；
   
2. 检查是否曾签订自动还款协议（如绑定工资卡）；
   
3. 根据上述情况选择对应措施（协商、投诉或诉讼）；
   
4. 保留所有证据（如扣款通知、协议文本、沟通记录）。
   

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