关于面包车第二排改装独立座椅是否合法的问题，我的结论是：一般情况下，面包车私自改装独立座椅属于违法行为，但在特定情况下，经过合法申请和审批，可以进行改装。以下是我从不同角度为你详细分析：

一、一般情况下的违法性

在中国，面包车作为常见的交通工具，其结构和构造在出厂时均经过严格的安全审查和登记。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条的规定，任何单位或者个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。这意味着，未经许可的私自改装，包括将面包车第二排改装为独立座椅，都是违法的。这种行为不仅违反了法律规定，还可能导致车辆安全性能下降，增加交通事故的风险。

二、特定情况下的合法性

尽管私自改装是违法的，但在某些特定情况下，如因工作或运输需求，确实需要对面包车进行改装。在这种情况下，车主必须遵循严格的法律程序和安全规范，以确保改装的合法性和安全性。具体步骤如下：

1. 申请变更登记：车主需向当地车管所提出车辆改装申请，提交相关证件材料（如车主身份证、车辆行驶证、机动车登记证书等），并填写申请表，详细说明改装的具体内容和原因。这是确保改装行为合法性的关键步骤。

2. 获得审批：车管所将对申请进行审核，评估改装是否符合相关规定和安全要求。审核通过后，会给予批准，并在机动车登记证书上记录相关变更事项。

3. 找专业改装厂：获批后，车主应选择有资质的正规汽车改装厂进行改装工作。改装厂应严格依照安全标准施工，确保改装操作不会对车辆整体结构和安全性能造成负面影响。例如，改装独立座椅时，需确保座椅的固定方式、安全带等安全装置符合安全标准。

4. 重新登记和检验：改装完成后，车主需再次前往车管所提交相关证明材料，并接受车管所对改装后车辆的检验。检验合格后，车管所会对车辆行驶证上的照片和相关登记信息进行更新，以反映车辆改装后的实际情况。

三、法律后果与建议

如果车主未经许可私自改装面包车座椅，将面临公安机关交通管理部门的处罚。根据《机动车登记规定》第五十七条的规定，擅自改变机动车外形和已登记的有关技术数据的，公安机关交通管理部门将责令恢复原状，并处以警告或者500元以下罚款。

因此，我建议车主在考虑对面包车进行改装时，务必充分了解相关法律法规和申请流程，并确保改装行为的合法性和安全性。如果确实需要改装，应按照上述步骤向车管所提出申请，并选择有资质的正规汽车改装厂进行改装工作。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于交通运输领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。